СТРУКТУРА ВІРІОННИХ ДНК ПОМІРНИХ ЕРВІНІОФАГІВ 49 І 59

Автор(и)

  • М. А. Златогурська Інститут мікробіології і вірусології імені Д.К. Заболотного НАН України, Україна
  • Ф. І. Товкач Інститут мікробіології і вірусології імені Д.К. Заболотного НАН України, Україна

DOI:

https://doi.org/10.18524/2307-4663.2017.4(40).118161

Ключові слова:

помірні бактеріофаги 49 і 59, headful-механізм упаковки, циклічна та дискретна пермутація

Анотація

Мета роботи: порівняльне вивчення структури віріонних ДНК помірних фагів 49 і 59 Erwinia «horticola». Методи. Дослідження властивостей ДНК бактеріофагів здійснювалося за допомогою стандартної рестрикції, а також біоінформатичного аналізу. Результати. Геноми досліджуваних ервініофагів містять по 84 відкриті рамки зчитування. Кількість генів, що кодують гіпотетичні поліпептиди з невідомими функціями, складає 57 та 52 для фага 49 і 59 відповідно. Пошук в базах даних NCBI показав, що фаг 49 не має вірусних гомологів серед референсних геномів вірусів прокаріот. Для бактеріофага 59 таким є фаг ENT47670 бактерії Cronobacter sakazakii. Між собою ервініофаги демонструють 47% гомології первинної послідовності нуклеотидів. Більшість виявлених ідентичних відкритих рамок зчитування належить до структурної області генома, а також до модуля лізису клітин бактерії-хазяїна. Встановлено, що геноми обох фагів є циклічно пермутованими і упаковуються згідно з headful-механізмом. Пермутація ДНК фага 59 являється неперервною, в той час як у фага 49 вона має дискретний характер. Віріонна ДНК фага 49 має аномальний SmaI-сайт, котрий, на відміну від інших сайтів ендонуклеази SmaI не піддається повному гідролізу. Висновки. Помірні бактеріофаги 49 і 59 E. «horticola» являються неідентичними іншим відомим вірусам прокаріот і належать до унікальних фагів родини Siphoviridae.

Посилання

Ackermann HW, Kropinski AM. Curated list of prokaryote viruses with fully sequenced genomes. Res Microbiol. 2007;158(7):555-566. doi: 10.1016/j. resmic.2007.07.006.

Sherwood R, Сasjens SR, Gilcrease EB. Determining DNA packaging strategy by analysis of the termini of the chromosomes in tailed-bacteriophage virions. Methods Mol Biol. 2009;502:91-111. doi: 10.1007/978-1-60327-565-1_7.

Tovkach FI, Grigoryan YuA, Ruban VI, Kishko YaG. The comparative characteristics of temperate Erwinia caratovora 268 phages. Microbiol Z. 1985;47(1):59-64 (in Russian).

Tovkach FI, Shevchenko TV, Gorb TE, Mukvich NS, Romanyuk LV. Comparative studies of temperate erwiniophage 49 and 59. Microbiol Z. 2002;64(2):65-81 (in Russian).

Tovkach FI, Grigoryan YuA, Ruban VI, Danileichenko VV, Kishko YaG. Restriction map of the permutated DNA of Erwinia carotovora temperature bacteriophage 59. Mol Gen Mikrobiol Virusol. 1988;1:20–24 (in Russian).

Kishko YaG, Grigoryan YuA, Tovkach FI., Ruban VI, Mashkovsky NN. Study of homology of temperate viruses of polylysogenic culture of Erwinia carotovora 268. Reports of the National Academy of Sciences of USSR. 1984;277(5):1250-1251 (in Russian).

McClelland M, Nelson M, Raschke E. Effect of site-specific modification on restriction endonucleases and DNA modification methyltransferases. Nucleic Acids Res. 1994;22(17):3640-3659.

Ptashne MA. Genetic Switch: Phage Lambda. – Cold Spring Harbor, New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press. – 2004. – 155 p.

Armstrong K, Bauer WR. Preferential site-dependent cleavage by restriction endonuclease PstI. Nucleic Acids Research. 1982;10(3):993-1007.

##submission.downloads##

Опубліковано

2017-12-28

Номер

Розділ

ЕКСПЕРИМЕНТАЛЬНІ ПРАЦІ