СТРУКТУРА ВІРІОННИХ ДНК ПОМІРНИХ ЕРВІНІОФАГІВ 49 І 59
DOI:
https://doi.org/10.18524/2307-4663.2017.4(40).118161Ключові слова:
помірні бактеріофаги 49 і 59, headful-механізм упаковки, циклічна та дискретна пермутаціяАнотація
Мета роботи: порівняльне вивчення структури віріонних ДНК помірних фагів 49 і 59 Erwinia «horticola». Методи. Дослідження властивостей ДНК бактеріофагів здійснювалося за допомогою стандартної рестрикції, а також біоінформатичного аналізу. Результати. Геноми досліджуваних ервініофагів містять по 84 відкриті рамки зчитування. Кількість генів, що кодують гіпотетичні поліпептиди з невідомими функціями, складає 57 та 52 для фага 49 і 59 відповідно. Пошук в базах даних NCBI показав, що фаг 49 не має вірусних гомологів серед референсних геномів вірусів прокаріот. Для бактеріофага 59 таким є фаг ENT47670 бактерії Cronobacter sakazakii. Між собою ервініофаги демонструють 47% гомології первинної послідовності нуклеотидів. Більшість виявлених ідентичних відкритих рамок зчитування належить до структурної області генома, а також до модуля лізису клітин бактерії-хазяїна. Встановлено, що геноми обох фагів є циклічно пермутованими і упаковуються згідно з headful-механізмом. Пермутація ДНК фага 59 являється неперервною, в той час як у фага 49 вона має дискретний характер. Віріонна ДНК фага 49 має аномальний SmaI-сайт, котрий, на відміну від інших сайтів ендонуклеази SmaI не піддається повному гідролізу. Висновки. Помірні бактеріофаги 49 і 59 E. «horticola» являються неідентичними іншим відомим вірусам прокаріот і належать до унікальних фагів родини Siphoviridae.Посилання
Ackermann HW, Kropinski AM. Curated list of prokaryote viruses with fully sequenced genomes. Res Microbiol. 2007;158(7):555-566. doi: 10.1016/j. resmic.2007.07.006.
Sherwood R, Сasjens SR, Gilcrease EB. Determining DNA packaging strategy by analysis of the termini of the chromosomes in tailed-bacteriophage virions. Methods Mol Biol. 2009;502:91-111. doi: 10.1007/978-1-60327-565-1_7.
Tovkach FI, Grigoryan YuA, Ruban VI, Kishko YaG. The comparative characteristics of temperate Erwinia caratovora 268 phages. Microbiol Z. 1985;47(1):59-64 (in Russian).
Tovkach FI, Shevchenko TV, Gorb TE, Mukvich NS, Romanyuk LV. Comparative studies of temperate erwiniophage 49 and 59. Microbiol Z. 2002;64(2):65-81 (in Russian).
Tovkach FI, Grigoryan YuA, Ruban VI, Danileichenko VV, Kishko YaG. Restriction map of the permutated DNA of Erwinia carotovora temperature bacteriophage 59. Mol Gen Mikrobiol Virusol. 1988;1:20–24 (in Russian).
Kishko YaG, Grigoryan YuA, Tovkach FI., Ruban VI, Mashkovsky NN. Study of homology of temperate viruses of polylysogenic culture of Erwinia carotovora 268. Reports of the National Academy of Sciences of USSR. 1984;277(5):1250-1251 (in Russian).
McClelland M, Nelson M, Raschke E. Effect of site-specific modification on restriction endonucleases and DNA modification methyltransferases. Nucleic Acids Res. 1994;22(17):3640-3659.
Ptashne MA. Genetic Switch: Phage Lambda. – Cold Spring Harbor, New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press. – 2004. – 155 p.
Armstrong K, Bauer WR. Preferential site-dependent cleavage by restriction endonuclease PstI. Nucleic Acids Research. 1982;10(3):993-1007.
##submission.downloads##
Опубліковано
Номер
Розділ
Ліцензія
Авторське право (c) 2017 Мікробіологія і біотехнологія
Ця робота ліцензується відповідно до Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.
Автор передає журналу (університету) на безоплатній основі невиключні права на використання статті (на весь строк дії авторського права починаючи з моменту публікації, розміщення статті на веб-сторінці журналу, в репозитарії відкритого доступу) без одержання прибутку; на відтворення статті чи її частин в електронній формі (включаючи цифрову); виготовлення ії електронних копій для постійного архівного зберігання; виготовлення електронних копій статті для некомерційного розповсюдження; внесення статті до бази даних репозитарію; надання електронних копій статті в доступі мережі інтернет.
Автор гарантує, що у статті не використовувалися статті або авторські права, які належать третім особам; гарантує, що на момент розміщення статті на веб-сторінці, в репозитарії ОНУ лише йому належать виключні майнові права на статтю, що розміщується; майнові права на статтю ні повністю, ні в частині нікому не передано (не відчуджено), майнові права на статтю ні повністю, ні в частині не є предметом застави, судового спору або претензій з боку третіх осіб.
Автор зберігає за собою право використовувати самостійно чи передавати права на використання статті третім особам.
Автор надає журналу право на використання статті такими способами:
переробляти, адаптувати або іншим чином змінювати її за погодженням з автором; перекладати статтю у випадку, коли стаття викладена мовою іншою, ніж мова, якою передбачена публікація у виданні. Якщо журнал виявить бажання використовувати статтю іншими способами: перекладати, розміщувати повністю або частково у мережі інтернет, публікувати статтю в інших, в тому числі іноземних виданнях, включати статтю як складову частину до інших збірників, антологій, енциклопедій тощо, умови оформлюються додатковою угодою.
Автор підтверджує, що він є автором (співавтором) цієї статті; авторські права на дану статтю не передані іншому видавцю; дана стаття не була раніше опублікована у будь-якому іншому виданні до публікації її журналом.
Публікація праць в Журналі здійснюється на некомерційній основі. Комісійна плата за оформлення статті не стягується.
