АНАЛІЗ НОВИХ ПОЛІФТОРТІОАЦИЛЬОВАНИХ ПОХІДНИХ АМІНОКИСЛОТ МЕТОДАМИ IN SILICO ТА IN VITRO

К. C. Науменко, A. В. Головань, Г. В. Баранова, Ю. Г. Шермолович, Н. В. Пікун, С. Д. Загородня

Анотація


Мета роботи – проаналізувати потенційну біологічну активність та мішень дії похідних ефірів поліфтороалкантіоацильованих амінокислот за допомогою методів in silico, а також вивчити прогнозовані властивості in vitro. Матеріали та методи. Були використані: програмне забезпечення PASS, веб-сервер PharmMapper, ПЛР, МТТ-аналіз, забарвлення трипановим синім та метод нейтрального червоного. Результати. Згідно з прогнозом PASS, дві сполуки (10S20 та 10S21) можуть мати противірусну активність, Pa/Pi становить 0,294/0,005 та 0,214/0,084, відповідно. Крім того, всі сполуки можуть бути субстратами цитохрому c, який відіграє важливу роль в індукції апоптозу. Кілька мішеней були визначені за допомогою молекулярного стикування (PharmMapper). Було показано, що більшість прогнозованих мішеней є білками, зокрема, вірусний білок Gag-Pol та різні види протеїнкіназ. Дослідження in vitro показало, що всі сполуки інгібують реплікацію вірусу Епштейна-Барр. З іншого боку, похідні ефірів поліфтороалкантіоацильованих амінокислот мали високий рівень цитотоксичності на різних лініях лимфобластоїдних клітин, що може бути зумовлено механізмом дії сполук. Висновки. Дослідження in silico є перспективним підходом до розробки нових антивірусних препаратів. Наші результати дозволяють віднести сполуку трет-бутил (2,2,3,3-тетрафторопропантіоїл)аланінат до перспективних анти-ВЕБ агентів. Отримані дані показали, що похідні ефірів поліфтороалкантіоацильованих амінокислот (10S21 та 10S22) можуть мати апоптоз-модулюючий вплив, що є ключовим аспектом при розробці препаратів для онкологіних захворювань, індукованих вірусними інфекціями.


Ключові слова


вірус Епштейна-Барра; ефіри тетрафторопропантіоацильованих амінокислот; in silico; in vitro

Повний текст:

PDF (English)

Посилання


Lapach S.N., Chubenco A.V., Babich P.N. Statistical methods in medical and biological research using Excel.- Кyiv: МОRIОN. – 2001. 408 [In Russian].

Balasundaram A., Ragupathy R., Sankar S., Thiyagarajan M., Ravi L., Karuppasamy R., Veerappapillai S. Investigation of Phytocompounds and Computational Approach for the Evaluation of Therapeutic Properties of Ethanolic Leaf Extract ofCallistemon citrinus. Int. J. Pharm. Sci. Rev. Res. 2016; 37(1):110-116.

Borenfreund E. Puerner J. Toxicity determined in vitro by morphological alterations and neutral red absorption. Toxicol Lett. 1985; 24(2–3):119–124.

Filimonov D, Lagunin A, Gloriozova T, Rudik A, Druzhilovskii D, Pogodin P, Poroikov V. Prediction of the biological activity spectra of organic compounds using the PASS online web resource. Chemistry of Heterocyclic Compounds. 2014; 50(3):444-457.

Li N, Thompson S, Jiang H, Lieberman P, Luo C. Development of the drug for Epstein-Barr virus using high-throughput in silico virtual screening. Expert Opin Drug Discov. 2010; 5(12):1189-1203.

Lin J. Antiviral therapy for Epstein-Barr virus-associated diseases. Chi Med J. 2005; 17(1):1-10.

Mosmann T. Rapid colorimetric assay for cellular growth and survival: application to proliferation and cytotoxicity assays. J Immunol Methods. 1983; 65:55-63.

Pikun N, Mykhaylychenko S, Kulik I, Shermolovich Yu. Primary polyfluoroalkanethioamides as mild thioacylating reagents for alkyl amines and α-amino acid esters. J. Fluorine Chem. 2016; 185 :86−90.

Romain C, Balfour H, Vezina H, Holman C. A method for evaluating antiviral drug susceptibility of Epstein-Barr virus. Virus Adaptation and Treatment. 2010; 2:1-7.

Strober W. Trypan Blue Exclusion Test of Cell Viability. Current Protocols in Immunology. 2001; 21:A.3B.1-A.3B.2.

Swinson J. Fluorine – a vital element in the medicine chest. PharmaChem. 2005; 25(1):26–30.

Tonder A, Joubert A, Cromarty D. Limitations of the 3-(4,5-dimethylthiazol-2-yl)-2,5-diphenyl-2H-tetrazolium bromide (MTT) assay when compared to three commonly used cell enumeration assays. BMC Research Notes. 2015; 8(47):1-10.

Wang X, Shen Y, Wang S, Li S, Zhang W, Liu X, Lai L, Pei J, Li H. PharmMapper 2017 update: a web server for potential drug target identification with a comprehensive target pharmacophore database. Nucleic Acids Res. 2017; 45(W1):356-360.

Young L, Yap L. Murray P. Epstein-Barr virus: more than 50 years old and still providing surprises. Nature Reviews Cancer. 2016; 16:789-802.


Пристатейна бібліографія ГОСТ


Лапач С. Н., Губенко А. В., Бабич П. Н. Статистические методы в медико-биологических исследованиях с использованием Еxcel. – Киев:Морион, 2002. – 407 с.

Balasundaram A., Ragupathy R., Sankar S., Thiyagarajan M., Ravi L., Karuppasamy R., Veerappapillai S. Investigation of Phytocompounds and Computational Approach for the Evaluation of Therapeutic Properties of Ethanolic Leaf Extract of Callistemon citrinus // Int. J. Pharm. Sci. Rev. Res. – 2016. – 37, № 1. – P. 110–116.

Borenfreund E., Puerner J. Toxicity determined in vitro by morphological alterations and neutral red absorption // Toxicol Lett. – 1985. – 24, № 2–3. – P. 119–124.

Filimonov D., Lagunin A., Gloriozova T., Rudik A., Druzhilovskii D., Pogodin P., Poroikov V. Prediction of the biological activity spectra of organic compounds using the PASS online web resource // Chemistry of Heterocyclic Compounds. – 2014. – 50, № 3 – P. 444–457.

Li N., Thompson S., Jiang H., Lieberman P., Luo C. Development of the drugs for Epstein-Barr virus using high-throughput in silico virtual screening // Expert Opin Drug Discov. – 2010. – 5, № 12. – P. 1189–1203.

Lin J. Antiviral therapy for Epstein-Barr virus-associated diseases // Tzu Chi Med J. – 2005. – 17, № 1. – P. 1–10.

Mosmann T. Rapid colorimetric assay for cellular growth and survival: application to proliferation and cytotoxicity assays // J Immunol Methods. – 1983. – 65. № 1–2. – P. 55–63.

Pikun N., Mykhaylychenko S., Kulik I., Shermolovich Yu. Primary polyfluoroalkanethioamides as mild thioacylating reagents for alkyl amines and α-amino acid esters // J. Fluorine Chem. – 2016. – 185. – P. 86−90.

Romain C., Balfour H., Vezina H., Holman C. A method for evaluating antiviral drug susceptibility of Epstein-Barr virus // Virus Adaptation and Treatment. – 2010. – 2. – P. 1–7.

Strober W. Trypan Blue Exclusion Test of Cell Viability // Current Protocols in Immunology. – 2001. – Vol. 21. – P. A.3B.1–A.3B.2.

Swinson J. Fluorine – a vital element in the medicine chest // PharmaChem. – 2005. – 25, № 1. – P. 26–30.

Tonder A., Joubert A., Cromarty D.Limitations of the 3-(4,5-dimethylthiazol-2-yl)-2,5-diphenyl-2H-tetrazolium bromide (MTT) assay when compared to three commonly used cell enumeration assays // BMC Research Notes. – 2015. – 8, №47. – P. 1–10.

Wang X., Shen Y., Wang S., Li S., Zhang W., Liu X., Lai L., Pei J., Li H. PharmMapper 2017 update: a web server for potential drug target identification with a comprehensive target pharmacophore database // Nucleic Acids Res. 2017. – 45, № W1. – P. 356–360.

Young L. Yap L., Murray P. Epstein-Barr virus: more than 50 years old and still providing surprises // Nature Reviews Cancer – 2016. – 16. – P. 789–802.





DOI: https://doi.org/10.18524/2307-4663.2017.4(40).118939

Посилання

  • Поки немає зовнішніх посилань.


Creative Commons License
Ця робота ліцензована Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.

ISSN 2076-0558 (Print); 2307-4663 (Online)