КОРОНАВІРУСНА ХВОРОБА(COVID-19). ВИКЛИКИ ТА ПЕРСПЕКТИВИ СПЕЦИФІЧНОЇ ДІАГНОСТИКИ
DOI:
https://doi.org/10.18524/2307-4663.2021.1(51).226901Ключові слова:
вірус SARS-CoV-2, специфічна діагностика, полімеразна ланцюгова реакція зі зворотною транскрипцією в реальному часі (рЗТ-ПЛР), імуноферментний аналіз (ІФА), швидкі діагностичні тестиАнотація
Пандемія коронавірусної хвороби (COVID-19), яка стартувала наприкінці 2019 року в Китаї, стала непередбаченим викликом для системи охорони здоров’я абсолютно усіх країн світу. Серед проблем, які потребували негайного вирішення, стало налагодження масової специфічної діагностики емерджентної інфекції, спричиненої коронавірусом SARS-CoV-2. У даному огляді представлені технології, які застосовуються для специфічної діагностики COVID-19. Обговорено переваги та обмеження найбільш поширених методологій, спрямованих на виявлення збудника або специфічних до нього антитіл. Виявлення фрагментів геному вірусу за допомогою полімеразної ланцюгової реакції зі зворотною транскрипцією в реальному часі (рЗТ-ПЛР) дозволило досягти високої точності діагностики. З самого початку пандемії та дотепер цей метод вважається «золотим» стандартом, незважаючи на обмеження, пов’язані з його високою вартістю, трудомісткістю та необхідністю проведення досліджень в спеціалізованих лабораторіях. Більш дешеві імунологічні методи мають недостатню діагностичну ефективність і можуть використовуватися лише як додаткові до молекулярного тестування. В огляді також представлені перспективні методи специфічної діагностики COVID-19, які засновані на молекулярно-генетичних технологіях, характеризуються простотою та швидкістю виконання, не потребують дорогого обладнання і можуть виконуватись в пунктах надання медичної допомоги.
Посилання
Ai JW, Zhang Y, Zhang HC, Xu T, Zhang WH. Era of molecular diagnosis for pathogen identification of unexplained pneumonia, lessons to be learned. Emerg Microbes Infect. 2020;9(1):597-600. doi: 10.1080/22221751.2020.1738905.
Alanagreh L, Alzoughool F, Atoum M. The human coronavirus disease COVID-19: its origin, characteristics, and insights into potential drugs and its mechanisms. Pathogens. 2020;9(5):331. doi: 10.3390/pathogens9050331.
Amanat F, Stadlbauer D, Strohmeier S, Nguyen THO, Chromikova V et al. A serological assay to detect SARS-CoV-2 seroconversion in humans. Nat Med. 2020;26(7):1033-1036. doi: 10.1038/s41591-020-0913-5.
Andrey DO, Cohen P, Meyer B, Torriani G, Yerly S, Mazza L. et al. Diagnostic accuracy of Augurix COVID-19 IgG serology rapid test. Eur J Clin Invest. 2020; 50(10):eci.13357. doi: 10.1111/eci.13357.
Atkinson B, Petersen E. SARS-CoV-2 shedding and infectivity. Lancet. 2020;395(10233):1339–1340. doi: 10.1016/S0140-6736(20)30868-0.
Augustine R, Hasan A, Das S, Ahmed R, Mori Y, Notomi T, Kevadiya BD, Thakor AS. Loop-mediated isothermal amplification (LAMP): a rapid, sensitive, specific, and cost-effective point-of-care test for coronaviruses in the context of COVID-19 pandemic. Biology (Basel). 2020;9(8):182. doi: 10.3390/biology9080182.
Azzi L, Maurino V, Baj A, Dani M, d'Aiuto A, Fasano M, Lualdi M, Sessa F, Alberio T. Diagnostic salivary tests for SARS-CoV-2. J Dent Res. 2021;100(2):115-123. doi: 10.1177/0022034520969670.
Bai Y, Yao L, Wei T, Tian F, Jin DY, Chen L, Wang M. Presumed asymptomatic carrier transmission of COVID-19. JAMA. 2020;323(14):1406-1407. doi: 10.1001/jama.2020.2565.
Bailey D, Konforte D, Barakauskas VE, Yip PM, Kulasingam V et al. Canadian ociety of clinical chemists (CSCC) interim consensus guidance for testing and reporting of SARS-CoV-2 serology. Clin Biochem. 2020;86:1-7. doi: 10.1016/j.clinbiochem.2020.09.005.
Beck ET, Paar W, Fojut L, Serwe J, Jahnke RR. Comparison of the Quidel Sofia SARS FIA test to the Hologic Aptima SARS-CoV-2 TMA test for diagnosis of COVID-19 in symptomatic outpatients. J Clin Microbiol. 2021;59(2):e02727-20. doi: 10.1128/JCM.02727-20.
Beeching NJ, Fletcher TE, Beadsworth MBJ. Covid-19: testing times. BMJ. 2020;369:m1403. doi: 10.1136/bmj.m1403.
Bohn MK, Mancici N, Loh TP, Wang CB, Grimmler M. IFCC interim guidelines on molecular testing of SARS-CoV-2 infection. Clinical Chemistry and Laboratory Medicine (CCLM). 2020;58(12):1993-2000. doi: 10.1515/cclm-2020-1412.
Brooks ZC, Das S. COVID-19 testing: impact of prevalence, sensitivity, and specificity on patient risk and cost. American Journal of Clinical Pathology. 2020;154(5):575–584. doi: 10.1093/ajcp/aqaa141.
Broughton JP, Deng X, Yu G, Fasching CL, Servellita V et al. CRISPRCas12-based detection of SARS-CoV-2. Nat Biotechnol. 2020;38(7):870- 874. doi: 10.1038/s41587-020-0513-4.
Bryan A, Pepper G, Wener MH, Fink SL, Morishima C et al. Performance characteristics of the Abbott Architect SARS-CoV-2 IgG Assay and seroprevalence in Boise, Idaho. J Clin Microbiol. 2020;58(8):e00941-20. doi: 10.1128/JCM.00941-20.
Bullard J, Dust K, Funk D, Strong JE, Alexander D. Predicting infectious severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 from diagnostic samples. Clinical Infectious Diseases. 2020;71(10):2663-2666. doi: 10.1093/cid/ciaa638.
Bullock HA, Goldsmith CS, Miller SE. Best practices for correctly identifying coronavirus by transmission electron microscopy. Kidney Int. 2021;99(4);824-827. doi: 10.1016/j.kint.2021.01.004.
Burbelo PD, Riedo FX, Morishima C, Rawlings S, Smith D, Das S, Strich JR, Chertow DS, Davey RT, Cohen JI. Sensitivity in detection of antibodies to nucleocapsid and spike proteins of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 in patients with coronavirus disease 2019. J Infect Dis. 2020;222(2):206-213. doi: 10.1093/infdis/jiaa273.
Cai XF, Chen J, Li Hu J, Long QX, Deng HJ et al. A peptide-based magnetic chemiluminescence enzyme immunoassay for serological diagnosis of coronavirus disease 2019. J Infect Dis. 2020;222(2):189-193. doi: 10.1093/infdis/jiaa243.
Cao Y, Su B, Guo X, Sun W, Deng Y et al. Potent neutralizing antibodies against SARS-CoV-2 identified by high-throughput single-cell sequencing of convalescent patients' B cells. Cell. 2020;182(1):73-84.e16. doi: 10.1016/j.cell.2020.05.025.
Centers for Disease Control and Prevention. SARS-CoV-2 viral culturing at CDC. 2020. Available at: https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/lab/grows-virus-cell-culture.html.
Chan JF, Kok KH, Zhu Z, Chu H, To KK, Yuan S, Yuen KY. Genomic characterization of the 2019 novel human-pathogenic coronavirus isolated from a patient with atypical pneumonia after visiting Wuhan. Emerg Microbes Infect. 2020;9(1):221-236. doi: 10.1080/22221751.2020.1719902.
Chandrashekar A, Liu J, Martinot AJ, McMahan K, Mercado NB et al. SARSCoV-2 infection protects against rechallenge in rhesus macaques. Science. 2020;369(6505):812-817. doi: 10.1126/science.abc4776.
Chaouch M. Loop-mediated isothermal amplification (LAMP): an effective molecular point-of-care technique for the rapid diagnosis of coronavirus SARS-CoV-2. Rev Med Virol. 2021:e2215. doi: 10.1002/rmv.2215.
Charlton CL, Kanji JN, Johal K et al. Evaluation of six commercial midto high-volume antibody and six point-of-care lateral flow assays for detection of SARS-CoV-2 antibodies. Journal of Clinical Microbiology. 2020;58(10):e01361-20. doi: 10.1128/JCM.01361-20.
Chen Y, Liu Q, Guo D. Emerging coronaviruses: genome structure, replication, and pathogenesis. J Med Virol. 2020;92(4):418-423. doi: 10.1002/jmv.25681.
Chia WN, Tan CW, Foo R, Kang AEZ, Peng Y, Sivalingam V et al. Serological differentiation between COVID-19 and SARS infections. Emerg Microbes Infect. 2020;9(1):1497-1505. doi: 10.1080/22221751.2020.1780951.
Chiara M, D'Erchia AM, Gissi C, Manzari C, Parisi A et al. Next generation sequencing of SARS-CoV-2 genomes: challenges, applications and opportunities. Brief Bioinform. 2020:bbaa297. doi: 10.1093/bib/bbaa297.
Chu DKW, Pan Y, Cheng SMS, Hui KPY, Krishnan P et al. Molecular diagnosis of a novel coronavirus (2019-nCoV) causing an outbreak of pneumonia. Clin Chem. 2020;66(4):549-555. doi: 10.1093/clinchem/hvaa029.
Corman VM, Landt O, Kaiser M, Molenkamp R, Meijer A et al. Detection of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) by real-time RT-PCR. Euro Surveill. 2020;25(3):2000045. doi: 10.2807/1560-7917.ES.2020.25.3.2000045.
D'Cruz RJ, Currier AW, Sampson VB. Laboratory testing methods for novel severe acute respiratory syndrome-coronavirus-2 (SARS-CoV-2). Front Cell Dev Biol. 2020;8:468. doi: 10.3389/fcell.2020.00468.
Deeks JJ, Dinnes J, Takwoingi Y, Davenport C, Spijker R et al. Antibody tests for identification of current and past infection with SARS-CoV-2. Cochrane Database Syst Rev. 2020;6(6):CD013652. doi: 10.1002/14651858.CD013652.
Desai S, Mishra SV, Joshi A, Sarkar D, Hole A, Mishra R, Dutt S, Chilakapati MK, Gupta S, Dutt A. Raman spectroscopy-based detection of RNA viruses n saliva: A preliminary report. J Biophotonics. 2020;13(10):e202000189. doi: 10.1002/jbio.202000189.
Döhla M, Boesecke C, Schulte B, Diegmann C, Sib E et al. Rapid point-of-care testing for SARS-CoV-2 in a community screening setting shows low sensitivity. Public Health. 2020;182:170-172. doi: 10.1016/j.puhe.2020.04.009.
Eckel F, Küsters F, Drossel B, Konert M, Mattes H, Schopf S. Variplex™ test system fails to reliably detect SARS-CoV-2 directly from respiratory samples without RNA extraction. Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2020;39(12):2373– 2377. doi: 10.1007/s10096-020-03983-9.
Espejo AP, Akgun Y, Al Mana AF, Tjendra Y, Millan NC, Gomez-Fernandez C, Cray C. Review of current advances in serologic testing for COVID-19. Am J Clin Pathol. 2020;154(3):293-304. doi: 10.1093/ajcp/aqaa112.
Facchetti F, Bugatti M, Drera E, Tripodo C, Sartori E et al. SARS-CoV2 vertical transmission with adverse effects on the newborn revealed through integrated immunohistochemical, electron microscopy and molecular analyses of Placenta. EBioMedicine. 2020;59:102951. doi: 10.1016/j.ebiom. 2020.102951.
Fan H, Yu X, Fu X, Zhu H, Lv Z, Yi W, Zhang Q. Clinical implications of different specimen types for nucleic acid testing in two cases of COVID-19. J Int Med Res. 2020;48(8):300060520949067. doi: 10.1177/0300060520949067.
Forouzesh M, Rahimi A, Valizadeh R, Dadashzadeh N, Mirzazadeh A. Clinical display, diagnostics and genetic implication of novel coronavirus (COVID-19) epidemic. Eur Rev Med Pharmacol Sci. 2020;24(8):4607-4615. doi: 10.26355/eurrev_202004_21047.
Gattinger P, Borochova K, Dorofeeva Y, Henning R, Kiss R et al. Antibodies in serum of convalescent patients following mild COVID-19 do not always prevent virus-receptor binding. Allergy. 2021;76(3):878-883. doi: 10.1111/all.14523.
Ghazi B, Elghanmi A. Why do we need serological tests for severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 diagnosis? Biores Open Access. 2020;9(1):255-257. doi: 10.1089/biores.2020.0026.
Goetz L, Yang J, Greene W, Zhu Y. A COVID-19 patient with repeatedly undetectable SARS-CoV-2 antibodies. J Appl Lab Med. 2020;5(6):1401-1405. doi: 10.1093/jalm/jfaa137.
González-González E, Lara-Mayorga IM, Rodríguez-Sánchez IP et al. Scaling diagnostics in times of COVID-19: colorimetric loop-mediated isothermal amplification (LAMP) assisted by a 3D-printed incubator for cost-effective and scalable detection of SARS-CoV-2. medRxiv. 2020.04.09.20058651. doi: 10.1101/2020.04.09.20058651.
Gootenberg JS, Abudayyeh OO, Lee JW, Essletzbichler P, Dy AJ et al. Nucleic acid detection with CRISPR-Cas13a/C2c2. Science. 2017;356(6336):438-442. doi: 10.1126/science.aam9321.
Gorbalenya AE, Baker SC, Baric RS et al. The species severe acute respiratory syndrome-related coronavirus: classifying 2019-nCoV and naming it SARS-CoV-2. Nat Microbiol. 2020;(5):536–544. doi: 10.1038/s41564-020-0695-z.
Gracie K, Correa E, Mabbott S, Dougan JA, Graham D, Goodacre R, Faulds K. Simultaneous detection and quantification of three bacterial meningitis pathogens by SERS. Chem. Sci. 2014;5:1030-1040. doi: 10.1039/C3SC52875H.
Granger JH, Schlotter NE, Crawford AC, Porter MD. Prospects for point-ofcare athogen diagnostics using surface-enhanced Raman scattering (SERS). Chem. Soc. Rev. 2016; 45:3865-3882. doi: 10.1039/C5CS00828J.
Guo L, Ren L, Yang S, Xiao M, Chang D et al. Profiling early humoral response to diagnose novel coronavirus disease (COVID-19). Clin Infect Dis. 2020;71(15):778-785. doi: 10.1093/cid/ciaa310.
Harcourt J, Tamin A, Lu X, Kamili S, Sakthivel SK et al. Isolation and characterization of SARS-CoV-2 from the first US COVID-19 patient. bioRxiv. 2020.03.02.972935. doi: 10.1101/2020.03.02.972935.
He Y, Luo J, Yang J, Song J, Wei L, Ma W. Value of viral nucleic acid in sputum and feces and specific IgM/IgG in serum for the diagnosis of coronavirus disease 2019. Front Cell Infect Microbiol. 2020;(10):445. doi: 10.3389/fcimb.2020.00445.
Jääskeläinen AJ, Kuivanen S, Kekäläinen E, Ahava MJ, Loginov R, Kallio-Kokko H, Vapalahti O, Jarva H, Kurkela S, Lappalainen M. Performance of six SARS-CoV-2 immunoassays in comparison with microneutralisation. J Clin Virol. 2020;129:104512. doi: 10.1016/j.jcv.2020.104512.
Jiang S, Hillyer C, Du L. Neutralizing antibodies against SARS-CoV-2 and other human coronaviruses. Trends Immunol. 2020;41(5):355-359. doi: 10.1016/j.it.2020.03.007.
Kellam P, Barclay W. The dynamics of humoral immune responses following SARS-CoV-2 infection and the potential for reinfection. J Gen Virol. 2020;101(8):791-797. doi: 10.1099/jgv.0.001439.
Kilic T, Weissleder R, Lee H. Molecular and immunological diagnostic tests of COVID-19: current status and challenges. iScience. 2020;23(8):101406. doi: 10.1016/j.isci.2020.101406.
Kim Y, Yaseen AB, Kishi JY, Hong F, Saka SK, Sheng K, Gopalkrishnan N, Schaus TE, Yin P. Single-strand RPA for rapid and sensitive detection of SARS-CoV-2 RNA. medRxiv. 2020.08.17.20177006. doi: 10.1101/2020.08.17.20177006.
Kohmer N, Toptan T, Pallas C, Karaca O, Pfeiffer A, Westhaus S et al. The comparative clinical performance of four SARS-CoV-2 rapid antigen tests and their correlation to infectivity in vitro. J Clin Med. 2021;10(2):328. doi: 10.3390/jcm10020328.
Lauer SA, Grantz KH, Bi Q, Jones FK, Zheng Q. et al. The Incubation period of coronavirus disease 2019 (COVID-19) from publicly reported confirmed cases: estimation and application. Ann Intern Med. 2020:M20-0504. doi: 10.7326/M20-0504.
Li K, Huang B, Wu M et al. Dynamic changes in anti-SARS-CoV-2 antibodies during SARS-CoV-2 infection and recovery from COVID-19. Nat Commun. 2020;11:6044. doi: 10.1038/s41467-020-19943-y.
Li Z, Yi Y, Luo X, Xiong N, Liu Y, Li S et al. Development and clinical application of a rapid IgM-IgG combined antibody test for SARS-CoV-2 infection diagnosis. J Med Virol. 2020;92(9):1518-1524. doi: 10.1002/jmv.25727.
Lin C, Xiang J, Yan M, Li H, Huang S, Shen C. Comparison of throat swabs and sputum specimens for viral nucleic acid detection in 52 cases of novel coronavirus (SARS-Cov-2)-infected pneumonia (COVID-19). Clin Chem Lab Med. 2020;58(7):1089-1094. doi: 10.1515/cclm-2020-0187.
Lin Q, Zhu L, Ni Z, Meng H, You L. Duration of serum neutralizing antibodies for SARS-CoV-2: lessons from SARS-CoV infection. J Microbiol Immunol Infect. 2020;53(5):821-822. doi: 10.1016/j.jmii.2020.03.015.
Lippi G, Simundic AM, Plebani M. Potential preanalytical and analytical vulnerabilities in the laboratory diagnosis of coronavirus disease 2019 (COVID-19). Clin Chem Lab Med. 2020;58(7):1070-1076. doi: 10.1515/cclm-2020-0285.
Lisboa Bastos M, Tavaziva G, Abidi SK et al. Diagnostic accuracy of serological tests for COVID-19: systematic review and meta-analysis. BMJ. 2020;370:m2516. doi: 10.1136/bmj.m2516.
Liu ZL, Liu Y, Wan LG, Xiang TX, Le AP, Liu P, Peiris M, Poon LLM, Zhang W. Antibody profiles in mild and severe cases of COVID-19. Clin Chem. 2020;66(8):1102-1104. doi: 10.1093/clinchem/hvaa137.
Long QX, Liu BZ, Deng HJ et al. Antibody responses to SARS-CoV-2 in patients with COVID-19. Nat Med. 2020;26:845–848. doi: 10.1038/s41591- 020-0897-1.
Long QX, Tang XJ, Shi QL et al. Clinical and immunological assessment of asymptomatic SARS-CoV-2 infections. Nat Med. 2020;(26):1200–1204. doi: 10.1038/s41591-020-0965-6.
Lu R, Zhao X, Li J, Niu P, Yang B et al. Genomic characterization and epidemiology of 2019 novel coronavirus: implications for virus origins and receptor binding. Lancet. 2020;395(10224):565-574. doi: 10.1016/S0140-6736(20)30251-8.
Lynch KL, Whitman JD, Lacanienta NP, Beckerdite EW, Kastner SA et al.Magnitude and kinetics of anti-SARS-CoV-2 antibody responses and their relationship to disease severity. Clin Infect Dis. 2021;72(2):301-308. doi: 10.1093/cid/ciaa979.
Ma H, Zeng W, He H, Zhao D, Jiang D, Zhou P, Cheng L, Li Y, Ma X, Jin Serum IgA, IgM, and IgG responses in COVID-19. Cell Mol Immunol. 2020;17(7):773-775. doi: 10.1038/s41423-020-0474-z.
Mboowa G. Current and emerging diagnostic tests available for the novel OVID-19 global pandemic. AAS Open Res. 2020;3:8. doi: 10.12688/aasopenres. 13059.1.
Meschi S, Colavita F, Bordi L et al. Performance evaluation of Abbott ARCHITECT SARS-CoV-2 IgG immunoassay in comparison with indirect immunofluorescence and virus microneutralization test. J. Clin. Virol. 2020;129:104539. doi: 10.1016/j.jcv.2020.104539.
Nagura-Ikeda M, Imai K, Tabata S, Miyoshi K, Murahara N et al. Clinical evaluation of self-collected saliva by quantitative reverse transcription-PCR (RT-qPCR), direct RT-qPCR, reverse transcription-loop-mediated isothermal amplification, and a rapid antigen test to diagnose COVID-19. J Clin Microbiol. 2020;58(9):e01438-20. doi: 10.1128/JCM.01438-20.
Nie J, Li Q, Wu J, Zhao C, Hao H et al. Quantification of SARS-CoV-2 neutralizing antibody by a pseudotyped virus-based assay. Nat Protoc. 2020;15(11):3699-3715. doi: 10.1038/s41596-020-0394-5.
Notomi T, Okayama H, Masubuchi H, Yonekawa T, Watanabe K, Amino N, Hase T. Loop-mediated isothermal amplification of DNA. Nucleic Acids Res. 2000;28(12):E63. doi: 10.1093/nar/28.12.e63.
Okba NMA, Müller MA, Li W, Wang C, GeurtsvanKessel CH, Corman VM et al. Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2-specific antibody responses in coronavirus disease patients. Emerg Infect Dis. 2020;26(7):1478-1488. doi: 10.3201/eid2607.200841.
Ooi KH, Tay JWD, Teo SY et al. A CRISPR-based SARS-CoV-2 diagnostic assay that is robust against viral evolution and RNA editing. bioRxiv. 2020.07.03.185850. doi: 10.1101/2020.07.03.185850.
Österdahl MF, Lee KA, Lochlainn MN, Wilson S, Douthwaite S et al. Detecting SARS-CoV-2 at point of care: preliminary data comparing loop-mediated isothermal amplification (LAMP) to polymerase chain reaction (PCR). BMC Infect Dis. 2020;20(1):783. doi: 10.1186/s12879-020-05484-8.
Ouyang W, Yu J, Zhang J, Xie C. Alert to potential contagiousness: a case of lung cancer with asymptomatic severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 infection. J Thorac Oncol. 2020;15(6):e82-e83. doi: 10.1016/j.jtho.2020.04.005.
Padoan A, Sciacovelli L, Basso D, Negrini D, Zuin S, Cosma C, Faggian D, Matricardi P, Plebani M. IgA-Ab response to spike glycoprotein of SARSCoV-2 in patients with COVID-19: a longitudinal study. Clin Chim Acta. 2020;(507):164-166. doi: 10.1016/j.cca.2020.04.026.
Paradiso AV, De Summa S, Loconsole D, Procacci V, Sallustio A et al. Rapid serological assays and SARS-CoV-2 real-time polymerase chain reaction assays for the detection of SARS-CoV-2: comparative study. J Med Internet Res. 2020;22(10):e19152. doi: 10.2196/19152.
Pastorino B, Touret F, Gilles M, de Lamballerie X, Charrel RN. Heat inactivation of different types of SARS-CoV-2 samples: what protocols for biosafety, molecular detection and serological diagnostics? Viruses. 2020;12(7):735. doi: 10.3390/v12070735.
Payne S. Methods to Study Viruses. Viruses. 2017:37–52. doi: 10.1016/B978-0-12-803109-4.00004-0.
Perkmann T, Perkmann-Nagele N, Breyer MK et al. Side by side comparison of three fully automated SARS-CoV-2 antibody assays with a focus on speci-ficity. Clin. Chem. 2020;66(11):1405–1413. doi: 10.1093/clinchem/hvaa198.
Pesaresi M, Pirani F, Tagliabracci A, Valsecchi M, Procopio AD, Busardò FP, Graciotti L. SARS-CoV-2 identification in lungs, heart and kidney specimens by transmission and scanning electron microscopy. Eur Rev Med Pharmacol Sci. 2020;24(9):5186-5188. doi: 10.26355/eurrev_202005_21217.
Porter MD, Lipert RJ, Siperko LM, Wang G, Narayanan R. SERS as a bioassay platform: fundamentals, design, and applications. Chem Soc Rev. 2008;37(5):1001-1011. doi: 10.1039/b708461g.
Praharaj I, Jain A, Singh M, Balakrishnan A, Dhodapkar R et al. Pooled testing for COVID-19 diagnosis by real-time RT-PCR: a multi-site comparative evaluation of 5- & 10-sample pooling. Indian J Med Res. 2020;152(1&2):88-94. doi: 10.4103/ijmr.IJMR_2304_20.
Rongqing Z, Li M, Song H, Chen J, Ren W et al. Early detection of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 antibodies as a serologic marker of infection in patients with coronavirus disease 2019. Clin Infect Dis. 2020;71(16):2066-2072. doi: 10.1093/cid/ciaa523.
Qian J, Boswell SA, Chidley C et al. An enhanced isothermal amplification assay for viral detection. Nat Commun. 2020;11(1):5920. doi: 10.1038/s41467-020-19258-y.
Qin J, You C, Lin Q, Hu T, Yu S, Zhou XH. Estimation of incubation period distribution of COVID-19 using disease onset forward time: a novel cross-sectional and forward follow-up study. Sci Adv. 2020;6(33):eabc1202. doi: 10.1126/sciadv.abc1202.
Rohaim MA, Clayton E, Sahin I, Vilela J, Khalifa ME et al. Artificial Intelligence-Assisted Loop Mediated Isothermal Amplification (AI-LAMP) for Rapid Detection of SARS-CoV-2. Viruses. 2020;12(9):972. doi: 10.3390/v12090972.
Shi J, Han D, Zhang R, Li J, Zhang R. Molecular and serological assays for SARS-CoV-2: insights from genome and clinical characteristics. Clin Chem. 2020;66(8):1030-1046. doi: 10.1093/clinchem/hvaa122.
Sohn Y, Jeong SJ, Chung WS, Hyun JH, Baek YJ, Cho Y, Kim JH, Ahn JY, Choi JY, Yeom JS. Assessing viral shedding and infectivity of asymptomatic or mildly symptomatic patients with COVID-19 in a later phase. J Clin Med. 2020;9(9):2924. doi: 10.3390/jcm9092924.
Sun B, Feng Y, Mo X, Zheng P, Wang Q et al. Kinetics of SARS-CoV-2 specific IgM and IgG responses in COVID-19 patients. Emerg Microbes Infect. 2020;9(1):940-948. doi: 10.1080/22221751.2020.1762515.
Sun F, Ganguli A, Nguyen J, Brisbin R, Shanmugam K et al.Smartphone-based multiplex 30-minute nucleic acid test of live virus from nasal swab extract. Lab Chip. 2020;20:1621-1627. doi: 10.1039/D0LC00304B.
Sun ZF, Meng XJ. Antigenic cross-reactivity between the nucleocapsid protein of severe acute respiratory syndrome (SARS) coronavirus and polyclonal antisera of antigenic group I animal coronaviruses: implication for SARS diagnosis. J Clin Microbiol. 2004;42(5):2351-2352. doi: 10.1128/jcm.42.5.2351-2352.2004.
Tan SS, Yan B, Saw S et al. Practical laboratory considerations amidst the COVID-19 outbreak: early experience from Singapore. J Clin Pathol. 2021;74(4):257-260. doi: 10.1136/jclinpath-2020-206563.
Tang YW, Schmitz JE, Persing DH, Stratton CW. Laboratory Diagnosis of COVID-19: Current Issues and Challenges. J Clin Microbiol. 2020;58(6):e00512-20. doi: 10.1128/JCM.00512-20.
Theel ES, Harring J, Hilgart H, Granger D. Performance characteristics of four high-throughput immunoassays for detection of IgG antibodies against SARS-CoV-2. J Clin. Microbiol. 2020;58(8):e01243-20. doi: 10.1128/JCM.01243-20.
To KK, Tsang OT, Yip CC, Chan KH, Wu TC et al. Consistent detection of 2019 novel coronavirus in saliva. Clin Infect Dis. 2020;71(15):841-843. doi: 10.1093/cid/ciaa149.
Touma M. COVID-19: molecular diagnostics overview. J Mol Med (Berl). 2020;98(7):947-954. doi: 10.1007/s00109-020-01931-w.
Vashist SK. In vitro diagnostic assays for COVID-19: recent advances and emerging trends. Diagnostics (Basel). 2020;10(4):202. doi: 10.3390/diagnostics10040202.
Wang K, Long QX, Deng HJ, Hu J, Gao QZ et al. Longitudinal dynamics of the neutralizing antibody response to SARS-CoV-2 infection. Clin Infect Dis. 2020;ciaa1143. doi: 10.1093/cid/ciaa1143.
Wang W, Xu Y, Gao R, Lu R, Han K, Wu G, Tan W. Detection of SARSCoV-2 in different types of clinical specimens. JAMA. 2020;323(18):1843-1844. doi: 10.1001/jama.2020.3786.
Wang X, Zhong M, Liu Y, Ma P, Dang L et al. Rapid and sensitive detection of COVID-19 using CRISPR/Cas12a-based detection with naked eye readout, CRISPR/Cas12a-NER. Sci. Bull (Beijing). 2020;65(17):1436-1439. doi:10.1016/j.scib.2020.04.041.
Wang Y, Rauf S, Grewal YS, Spadafora LJ, Shiddiky MJ et al. Duplex microfluidic SERS detection of pathogen antigens with nanoyeast single-chain variable fragments. Anal. Chem. 2014;86(19):9930-9938. doi: 10.1021/ac5027012.
Wang Y, Wang Y, Chen Y, Qin Q. Unique epidemiological and clinical features of the emerging 2019 novel coronavirus pneumonia (COVID-19) implicate special control measures. J Med Virol. 2020;92(6):568-576. doi: 10.1002/jmv.25748.
Weidner L, Gänsdorfer S, Unterweger S et al. Quantification of SARS-CoV-2 antibodies with eight commercially available immunoassays. J. Clin. Virol. 2020;129:104540. doi: 10.1016/j.jcv.2020.104540.
Wölfel R, Corman VM, Guggemos W et al. Virological assessment of hospitalized patients with COVID-2019. Nature. 2020;(581):465-469. doi: 10.1038/s41586-020-2196-x.
World Health Organization. Multisystem inflammatory syndrome in children and adolescents temporally related to COVID-19. 2020. Available at: https:// www.who.int/news-room/commentaries/detail/multisystem-inflammatory-syndrome-in-children-and-adolescents-with-covid-19.
World Health Organization. WHO Director-General's remarks at the media briefing on 2019-nCoV on 11 February 2020. 2020. Available at: https://www.who.int/director-general/speeches/detail/who-director-general-s-remarks-at-the-media-briefing-on-2019-ncov-on-11-february-2020.
World Health Organization. Pneumonia of unknown cause – China. Disease outbreak news. 2020. Available at: https://www.who.int/csr/don/05-january-2020-pneumonia-of-unkown-cause-china/en/.
World Health Organization. WHO Director-General's opening remarks at the media briefing on COVID-19 – 11 March 2020. 2020. Available at: https://www.who.int/director-general/speeches/detail/who-director-general-s-opening-remarks-at-the-media-briefing-on-covid-19-11-march-2020.
World Health Organization. WHO COVID-19 case definition. 2020. Available at: https://www.who.int/publications/i/item/WHO-2019-nCoV-Surveillance_Case_Definition-2020.2.
World Health Organization. Antigen-detection in the diagnosis of SARSCoV-2 infection using rapid immunoassays. Interim guidance. 2020. Available at: https://www.who.int/publications/i/item/antigen-detection-in-the-diagnosis-of-sars-cov-2infection-using-rapid-immunoassays.
World Health Organization. SARS-CoV-2 antigen-detecting rapid diagnostic tests: an implementation guide, 2020. Available at: https://www.who.int/publications/i/item/9789240017740.
World Health Organization. Diagnostic testing for SARS-CoV-2. Interim guidance. 2020. Available at: https://www.who.int/publications/i/item/diagnostic-testing-for-sars-cov-2.
WorldOmeter, Coronavirus. 2021. Available at: https://www.worldometers.info/coronavirus/.
Wu F, Zhao S, Yu B, Chen YM, Wang W et al. A new coronavirus associated with human respiratory disease in China. Nature. 2020;579(7798):265-269. doi: 10.1038/s41586-020-2008-3.
Wu Y, Wang F, Shen C, Peng W, Li D et al. A noncompeting pair of human neutralizing antibodies block COVID-19 virus binding to its receptor ACE2. Science. 2020;368(6496):1274-1278. doi: 10.1126/science.abc2241.
Xiang F, Wang X, He X, Peng Z, Yang B et al. Antibody detection and dynamic characteristics in patients with coronavirus disease 2019. Clin Infect Dis. 2020;71(8):1930-1934. doi: 10.1093/cid/ciaa461.
Xu K, Zhou R, Takei K, Hong M. Toward flexible surface-enhanced Raman scattering (SERS) sensors for point-of-care diagnostics. Adv. Sci. 2019;6:1900925. doi: 10.1002/advs.201900925.
Yamada S, Fukushi S, Kinoshita H, Ohnishi M, Suzuki T et al. Assessment of SARS-CoV-2 infectivity of upper respiratory specimens from COVID-19 patients by virus isolation using VeroE6/TMPRSS2 cells. BMJ Open Respiratory Research. 2021;8(1):e000830. doi: 10.1136/bmjresp-2020-000830.
Yang W, Dang X, Wang Q, Xu M, Zhao Q et al. Rapid detection of SARS-CoV-2 using reverse transcription RT-LAMP method. medRxiv. 2020.03.02.20030130. doi: 10.1101/2020.03.02.20030130.
Yip CC, Sridhar S, Leung KH, Ng AC, Chan KH, Chan JF, Tsang OT, Hung IF, Cheng VC, Yuen KY, To KK. Development and evaluation of novel and highly sensitive single-tube nested real-time RT-PCR assays for SARS-CoV-2 detection. Int J Mol Sci. 2020;21(16):5674. doi: 10.3390/ijms21165674.
Yip PM, Venner AA, Shea J, Fuezery A, Huang Y, Massicotte L, Tetreault N, Tomalty C, Shaw JLV. Point-of-care testing: a position statement from the Canadian Society of Clinical Chemists. Clin Biochem. 2018;53:156-159. doi: 10.1016/j.clinbiochem.2018.01.015.
Yonekawa T, Watanabe H, Hosaka N et al. Fully automated molecular diagnostic system “Simprova” for simultaneous testing of multiple items. Sci Rep. 2020;10:5409. doi: 10.1038/s41598-020-62109-5.
Yong SK, Su PC, Yang YS. Molecular targets for the testing of COVID-19. Biotechnol J. 2020;15(6):e2000152. doi: 10.1002/biot.202000152.
Yongchen Z, Shen H, Wang X, Shi X, Li Y, Yan J, Chen Y, Gu B. Different longitudinal patterns of nucleic acid and serology testing results based on disease severity of COVID-19 patients. Emerg Microbes Infect. 2020;9(1):833-836. doi: 10.1080/22221751.2020.1756699.
Yoshikawa R, Abe H, Igasaki Y, Negishi S, Goto H, Yasuda J. Development and evaluation of a rapid and simple diagnostic assay for COVID-19 based on loop-mediated isothermal amplification. PLoS Negl Trop Dis. 2020;14(11):e0008855. doi: 10.1371/journal.pntd.0008855.
Younes N, Al-Sadeq DW, Al-Jighefee H, Younes S, Al-Jamal O, Daas HI, Yassine HM, Nasrallah GK. Challenges in laboratory diagnosis of the novel coronavirus SARS-CoV-2. Viruses. 2020;12(6):582. doi: 10.3390/v12060582.
Yu F, Yan L, Wang N, Yang S, Wang L et al. Quantitative detection and viral load analysis of SARS-CoV-2 in infected patients. Clin Infect Dis. 2020;71(15):793-798. doi: 10.1093/cid/ciaa345.
Yu L, Wu S, Hao X, Li X, Liu Xet al. Rapid colorimetric detection of COVID-19 coronavirus using a reverse transcriptional loop-mediated isothermal amplification (RT-LAMP) diagnostic platform: iLACO. medRxiv. 2020.02.20.20025874. doi: 10.1101/2020.02.20.20025874.
Zainol Rashid Z, Othman SN, Abdul Samat MN, Ali UK, Wong KK. Diagnostic performance of COVID-19 serology assays. Malays J Pathol. 2020;42(1):13-21.
Zhang G, Nie S, Zhang Z, Zhang Z. Longitudinal change of severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 antibodies in patients with coronavirus disease 2019. J Infect Dis. 2020;222(2):183-188. doi: 10.1093/infdis/jiaa229.
Zhang Y, Odiwuor N, Xiong J et al. Rapid molecular detection of SARSCoV-2 (COVID-19) virus RNA using colorimetric LAMP. medRxiv. 2020.02.26.29928373. doi: 10.1101/2020.02.26.20028373.
Zhang W, Du RH, Li B, Zheng XS, Yang XL, Hu B, Wang YY, Xiao GF, Yan B, Shi ZL, Zhou P. Molecular and serological investigation of 2019-nCoV infected patients: implication of multiple shedding routes. Emerg Microbes Infect. 2020;9(1):386-389. doi: 10.1080/22221751.2020.1729071.
Zhao J, Yuan Q, Wang H, Liu W, Liao X et al. Antibody responses to SARSCoV- in patients with novel coronavirus disease 2019. Clin Infect Dis. 2020;71(16):2027-2034. doi: 10.1093/cid/ciaa344.
Zhou P, Yang XL, Wang XG et al. A pneumonia outbreak associated with a new coronavirus of probable bat origin. Nature. 2020;(579):270–273. doi: 10.1038/s41586-020-2012-7.
Zitek T. The appropriate use of testing for COVID-19. West J Emerg Med. 2020;21(3):470-472. doi: 10.5811/westjem.2020.4.47370.
##submission.downloads##
Опубліковано
Номер
Розділ
Ліцензія
Авторське право (c) 2021 К. М. Гуменюк, Д. О. Дубина, О. О. Юрченко
Ця робота ліцензується відповідно до Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.
Автор передає журналу (університету) на безоплатній основі невиключні права на використання статті (на весь строк дії авторського права починаючи з моменту публікації, розміщення статті на веб-сторінці журналу, в репозитарії відкритого доступу) без одержання прибутку; на відтворення статті чи її частин в електронній формі (включаючи цифрову); виготовлення ії електронних копій для постійного архівного зберігання; виготовлення електронних копій статті для некомерційного розповсюдження; внесення статті до бази даних репозитарію; надання електронних копій статті в доступі мережі інтернет.
Автор гарантує, що у статті не використовувалися статті або авторські права, які належать третім особам; гарантує, що на момент розміщення статті на веб-сторінці, в репозитарії ОНУ лише йому належать виключні майнові права на статтю, що розміщується; майнові права на статтю ні повністю, ні в частині нікому не передано (не відчуджено), майнові права на статтю ні повністю, ні в частині не є предметом застави, судового спору або претензій з боку третіх осіб.
Автор зберігає за собою право використовувати самостійно чи передавати права на використання статті третім особам.
Автор надає журналу право на використання статті такими способами:
переробляти, адаптувати або іншим чином змінювати її за погодженням з автором; перекладати статтю у випадку, коли стаття викладена мовою іншою, ніж мова, якою передбачена публікація у виданні. Якщо журнал виявить бажання використовувати статтю іншими способами: перекладати, розміщувати повністю або частково у мережі інтернет, публікувати статтю в інших, в тому числі іноземних виданнях, включати статтю як складову частину до інших збірників, антологій, енциклопедій тощо, умови оформлюються додатковою угодою.
Автор підтверджує, що він є автором (співавтором) цієї статті; авторські права на дану статтю не передані іншому видавцю; дана стаття не була раніше опублікована у будь-якому іншому виданні до публікації її журналом.
Публікація праць в Журналі здійснюється на некомерційній основі. Комісійна плата за оформлення статті не стягується.
