ПОГЛИБЛЕНА ГЕНОМНО-МЕТАБОЛОМНА ХАРАКТЕРИСТИКА БАКТЕРІЙ РОДУ BACILLUS, ВИДІЛЕНИХ З ГЛИБОКОВОДНИХ ВІДКЛАДЕНЬ ЧОРНОГО МОРЯ
DOI:
https://doi.org/10.18524/2307-4663.2023.2(58).287369Ключові слова:
Bacillus, спергуалін, бациломіцин, геліпептин, глибоководні донні відкладенняАнотація
Морські бактерії приваблюють все більше уваги як джерело великої кількісті біоактивних метаболітів. Біосинтетичний потенціал морських бацил не є достатньо вивченим. Попередне дослідження авторів не могло дати повного результату, тому було прийнято рішення провести переаналіз не ідентифікованих тоді метаболітів, з урахуванням доповнення існуючих баз даних. Метою роботи було провести переаналіз уже наявних метаболомних даних для штамів Bacillus velezensis ONU 553, Bacillus pumilus ONU 554 та Bacillus subtilis ONU 559, виділених із донних відкладень Чорного моря. Методи. Ідентифікацію сполук проводили за допомогою використання онлайн версії програми Dictionary of Natural Products, а пошук біосинтетичних кластерів у геномі Bacillus velezensis ONU 553 – з використанням antiSMASH 7.0. Результати та висновки. Геномно-метаболомне профілювання штамів призвело до ідентифікації декількох раніше не виявлених сполук – 7 та 1 метаболітів у штамів Bacillus velezensis ONU 553 та Bacillus pumilus ONU 554, відповідно. Виявлено раніше не виявлені біосинтетичні кластери – ітурин-подібних пептидів та геліпептид-подібних пептидів у Bacillus velezensis ONU 553.
Посилання
Banerjee T, Singh RR, Gupta S, Surolia A, Surolia N. 15-deoxyspergualin hinders physical interaction between basic residues of transit peptide in PfENR and Hsp70-1. IUBMB life. 2012;64(1):99–107.
Childress JJ, Fisher CR. The biology of hydrothermal vent animals: Physiology, biochemistry, and auto-trophic symbioses. Oceanograph. Mar. Biol. 1992;30:337–441
Cochrane SA, Vederas JC. Lipopeptides from Bacillus and Paenibacillus spp.: a gold mine of antibiotic candidates. Med Res Rev. 2016;36(1): 4–31.
Eshita SM, Roberto NH, Beale JM, Mamiya BM, Workman RF. Bacillomycin Lc, a new antibiotic of the iturin group: isolations, structures, and antifungal activities of the congeners. J Antibiot. 1995;48(11):1240–1247.
Flissi A, Ricart E, Campart C, Chevalier M, Dufresne Y, Michalik J, Jacques P, Flahaut C, Lisacek F, Leclère V, Pupin M. Norine: Update of the nonribosomal peptide resource. Nucleic acids research. 2020;48(1):465–469.
Halloran PF. Molecular mechanisms of new immunosuppressants. Clin Transplant. 1996;10(1; Part 2):118–123.
Heisey RM, Huang J, Mishra SK, Keller JE, Miller JR, Putnam AR, D’Silva TD. Production of valino-mycin, an insecticidal antibiotic, by Streptomyces griseus var. flexipertum var. nov. J Agric Food Chem. 1988;36:1283–1286.
Hughes CC, Fenical W. Antibacterials from the sea. Chemistry–A European Journal. 2010;16(42):12512–12525.
Morioka M, Kato K, Umezawa K. Design and synthesis of 15-deoxyspergualin–biotin conjugates as novel binding probes for target protein screening. The Journal of Antibiotics. 2016;69(7):574–578.
Murai A, Amino Y, Ando T. Absolute configuration of the beta-hydroxyl fatty acid constituent of permetin A. J Antibiot. 1985;38(11):1610–1613.
Ostapchuk, АM, Shtenikov МD, Ivanytsia VО. Exometabolites of endospore-forming bacteria of Bacillus genus identified by genomic-metabolomic profiling. Ukrainian Biochemical Journal. 2020;92(6):154–164.
Pirri G, Giuliani A, Nicoletto SF, Pizzuto L, Rinaldi AC. Lipopeptides as anti-infectives: A practical perspective. Cent Eur J Biol. 2009;4(3):258–273.
Shtenikov MD, Ostapchuk AM, Vasylieva NY, Luzhetskyy AM, Rückert C, Kalinowski J, Ivanytsia, VО. Characteristics of genome of Bacillus velezensis ONU 553 strain isolated from the bottom sediments of the Black Sea. MicrobiolBiotechnol. 2020;82(3):14–21.
Schorlemmer HU, Dickneite G, Seiler FR. Treatment of acute rejection episodes and induction of tolerance in rat skin allotransplantation by 15-deoxyspergualin. Transplant Proc. 1990;22:1626–1630.
Skropeta D. Deep-sea natural products. Natural Product Reports. 2008;25(6):1131–1166.
Tyurin AP, Efimenko TA, Prokhorenko IA, Rogozhin EA, Malanicheva IA, Zenkova VA, Efremenkova OV, Korshun VA. Chapter 12 – Amicoumacins and related compounds: chemistry and biology. Stud Nat Prod Chem. 2018;55:385–441.
Valentin BB, Vinod V, Beulah MC. Biopotential of secondary metabolites isolated from marine sponge Dendrilla nigra. Asian Pac. J. Trop. Dis. 2011;1:299–303.
##submission.downloads##
Опубліковано
Номер
Розділ
Ліцензія
Авторське право (c) 2023 В. В. Субота, А. М. Остапчук, М. Д. Штеніков
Ця робота ліцензується відповідно до Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.
Автор передає журналу (університету) на безоплатній основі невиключні права на використання статті (на весь строк дії авторського права починаючи з моменту публікації, розміщення статті на веб-сторінці журналу, в репозитарії відкритого доступу) без одержання прибутку; на відтворення статті чи її частин в електронній формі (включаючи цифрову); виготовлення ії електронних копій для постійного архівного зберігання; виготовлення електронних копій статті для некомерційного розповсюдження; внесення статті до бази даних репозитарію; надання електронних копій статті в доступі мережі інтернет.
Автор гарантує, що у статті не використовувалися статті або авторські права, які належать третім особам; гарантує, що на момент розміщення статті на веб-сторінці, в репозитарії ОНУ лише йому належать виключні майнові права на статтю, що розміщується; майнові права на статтю ні повністю, ні в частині нікому не передано (не відчуджено), майнові права на статтю ні повністю, ні в частині не є предметом застави, судового спору або претензій з боку третіх осіб.
Автор зберігає за собою право використовувати самостійно чи передавати права на використання статті третім особам.
Автор надає журналу право на використання статті такими способами:
переробляти, адаптувати або іншим чином змінювати її за погодженням з автором; перекладати статтю у випадку, коли стаття викладена мовою іншою, ніж мова, якою передбачена публікація у виданні. Якщо журнал виявить бажання використовувати статтю іншими способами: перекладати, розміщувати повністю або частково у мережі інтернет, публікувати статтю в інших, в тому числі іноземних виданнях, включати статтю як складову частину до інших збірників, антологій, енциклопедій тощо, умови оформлюються додатковою угодою.
Автор підтверджує, що він є автором (співавтором) цієї статті; авторські права на дану статтю не передані іншому видавцю; дана стаття не була раніше опублікована у будь-якому іншому виданні до публікації її журналом.
Публікація праць в Журналі здійснюється на некомерційній основі. Комісійна плата за оформлення статті не стягується.
