ФІЛОГЕНЕТИЧНИЙ АНАЛІЗ ГЕНУ НЕЙРАМІНІДАЗИ ВІРУСІВ ГРИПУ A(H3N2), ВИДІЛЕНИХ В УКРАЇНІ В СЕЗОНІ 2013–2014 рр.
DOI:
https://doi.org/10.18524/2307-4663.2015.2(30).48070Ключові слова:
вірус грипу, грип, філогенетичний аналізАнотація
Метою даної роботи було проведення філогенетичного аналізу генів нейрамінідази вірусів грипу A(H3N2), виділених в Україні в 2013–2014 сезоні. Методи. В роботі були використані методи молекулярної генетики, філогенії та математичної статистики. Результати. Висока (94%) генетична подібність українських ізолятів, виділених під час епідемічного сезону в інших країнах свідчить про стабільність вірусної популяції в Україні. Розміщення українських ізолятів вірусів грипу у трьох різних кластерах свідчить про різні шляхи занесення вірусів на територію України. Аналіз послідовностей NA виявив у більшості українських ізолятів нові заміщення амінокислот у положеннях Y155F, D251V, S315G. Жоден із досліджуваних ізолятів вірусу грипу не містив в послідовності NA мутації E119D, яку асоціюють із резистентністю до озельтамівіру. Більшість випадків респіраторних захворювань людини спричинені вірусами. Поверхневі глікопротеїни вірусу грипу є високо варіабельними, внаслідок чого здатні уникати впливу імунної системи господаря. Дослідження генетичних змін серед всіх штамів вірусів грипу є важливим для визначення походження сегментів РНК вірусів грипу A(H3N2) від одного чи декількох різних господарів. Застосування філогенетичного аналізу дозволяє проводити моніторинг рівня та напрямку мінливості вірусів грипу практично у реальному часі. Більш того, порівняння амінокислотних послідовностей робить можливим виявлення початку нових заміщень та спостерігати механізми адаптації вірусу до імунної системи людини. Зазвичай для філогенетичного аналізу використовують послідовності поверхневих антигенів – гемаглютиніну (HA) та нейрамінідази (NA). Метою нашої роботи було провести філогенетичний аналіз послідовностей NA вірусів грипу A(H3N2), виділених в Україні в 2013–2014 сезоні.
Посилання
Reichert T.A. The seasonality of human mortality: the role of influenza / Reichert T. A., Sharma A. // International Congress Series. – 2001. Vol. 1219. – P. 95–101.
Predicting influenza evolution: the impact of terminal and egg-adapted mutations / Bush R. M., Fitch W. M., Smith C.B. [et al.] // Excerpta Mediсa. International Congress Series. – 2001. – Vol. 1219. – P. 147–153.
WHO. CDC protocol of realtime RT-PCR for swine influenza A(H1N1) revision 1. April 2009. Available at: http://www.who.int/csr/ resources/publications/swineflu/realtimeptpcr/en/index.html.
Tamura K., Peterson D., Peterson N., Stecher G., Nei M., and Kumar S. MEGA5: Molecular Evolutionary Genetics Analysis using Maximum Likelihood, Evolutionary Distance, and Maximum Parsimony Methods // Mol Biol Evol.–2011.– 28, N 10.– P. 2731–2739.
Saitou N. and Nei M. The neighbor-joining method: A new method for reconstructing phylogenetic trees // Molecular Biology and Evolution.– 1987. – 4, N 4.–P. 406–425.
Kimura M. A simple method for estimating evolutionary rate of base substitutions through comparative studies of nucleotide sequences // Journal of Molecular Evolution.–1980.–16.–P. 111–120.
Felsenstein J. Confidence limits on phylogenies: An approach using the bootstrap // Evolution.–1985.–39, N 4.–P. 783–791.
Galiano M., Agapow P., Thompson C., Platt S. Underwood A., Ellis J., Myers R., Green J., Zambon M. Evolutionary Pathways of the Pandemic Influenza A (H1N1) 2009 in the UK // PLoSOne.–2011.–6, N 8.– e23779.
Danishuddin M., Khan S., Khan A. Phylogenetic analysis of surface proteins of novel H1N1 virus isolated from 2009 pandemic // Bioinformation.–2009.– 4, N 2. – P. 94–97.
Genetic mutations in influenza H3N2 viruses from a 2012 epidemic in Southern China / J. Zhong, L. Liang, P. Huang et all // Virology Journal. – 2013. – V. 10. – P. 345–352.
##submission.downloads##
Опубліковано
Номер
Розділ
Ліцензія
Авторське право (c) 2015 Мікробіологія і біотехнологія
Ця робота ліцензується відповідно до Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.
Автор передає журналу (університету) на безоплатній основі невиключні права на використання статті (на весь строк дії авторського права починаючи з моменту публікації, розміщення статті на веб-сторінці журналу, в репозитарії відкритого доступу) без одержання прибутку; на відтворення статті чи її частин в електронній формі (включаючи цифрову); виготовлення ії електронних копій для постійного архівного зберігання; виготовлення електронних копій статті для некомерційного розповсюдження; внесення статті до бази даних репозитарію; надання електронних копій статті в доступі мережі інтернет.
Автор гарантує, що у статті не використовувалися статті або авторські права, які належать третім особам; гарантує, що на момент розміщення статті на веб-сторінці, в репозитарії ОНУ лише йому належать виключні майнові права на статтю, що розміщується; майнові права на статтю ні повністю, ні в частині нікому не передано (не відчуджено), майнові права на статтю ні повністю, ні в частині не є предметом застави, судового спору або претензій з боку третіх осіб.
Автор зберігає за собою право використовувати самостійно чи передавати права на використання статті третім особам.
Автор надає журналу право на використання статті такими способами:
переробляти, адаптувати або іншим чином змінювати її за погодженням з автором; перекладати статтю у випадку, коли стаття викладена мовою іншою, ніж мова, якою передбачена публікація у виданні. Якщо журнал виявить бажання використовувати статтю іншими способами: перекладати, розміщувати повністю або частково у мережі інтернет, публікувати статтю в інших, в тому числі іноземних виданнях, включати статтю як складову частину до інших збірників, антологій, енциклопедій тощо, умови оформлюються додатковою угодою.
Автор підтверджує, що він є автором (співавтором) цієї статті; авторські права на дану статтю не передані іншому видавцю; дана стаття не була раніше опублікована у будь-якому іншому виданні до публікації її журналом.
Публікація праць в Журналі здійснюється на некомерційній основі. Комісійна плата за оформлення статті не стягується.
