ФІЛОГЕНЕТИЧНА СПОРІДНЕНІСТЬ УКРАЇНСЬКИХ ІЗОЛЯТІВ ВІРУСУ МОЗАЇКИ КАВУНА 2
DOI:
https://doi.org/10.18524/2307-4663.2014.4(28).48395Ключові слова:
вірус мозаїки кавуна 2, ізоляти, сиквенування, філогенетична спорідненістьАнотація
Мета. Встановлення філогенетичної спорідненості українських ізолятів ВМК 2 з відомими штамами та ізолятами ВМК 2 за нуклеотидною послідовністю гену капсидного білка. Методи. Філогенетичну спорідненість українських ізолятів ВМК 2 WMV 2–2g–Ukr і WMV 2–2k–Ukr між собою та з відомими штамами і ізолятами ВМК 2 встановлювали шляхом порівняння ділянки нуклеотидного сиквенсу, що відповідає гену капсидного білка вірусу. Аналіз нуклеотидного сиквенсу проводили за допомогою програми MEGA 5. Для вирівнювання нуклеотидних послідовностей використовували метод CLUSTAL W. Побудову філогенетичних дерев проводили за допомогою програми MEGA 5, використовуючи метод Maximum Likelihood на основі моделі Tamura-Nei. Для перевірки достовірності дерев застосовували бутстреп аналіз (1000 реплікацій). Результати. Філогенетичний аналіз на основі вирівнювання в CLUSTAL W показав, що українські ізоляти подібні між собою на 99,1%. Відсоток гомології між українськими ізолятами та штамами і ізолятами з Генбанку становив від 90,7 до 99%. Найбільший відсоток гомології за геном капсидного білка українські ізоляти мали, з європейськими ізолятами з Іспанії, Італії та Франції, а також зі штамами і ізолятами з Близького Сходу, що можливо, пояснюється джерелом їх походження. Висновки. Отже, коло найвірогідніших країн, звідки можуть походити або, навпаки, куди були завезені українські ізоляти досить широке і включає Іспанію, Італію, Францію, а також Іран, Туреччину, Ізраїль та Саудівську Аравію. Така ситуація може бути пояснена експортно-імпортними відносинами України з країнами Середземномор’я та Близького Сходу і активним обміном сільськогосподарською продукцією.
Посилання
Гнутова Р.В. Серология и иммунохимия вирусов растений / Раиса Васильевна Гнутова. – М.: Наука, 1993. – 301 с.
Омелюта В.П. Облік шкідників і хвороб сільськогосподарських культур / В.П. Омелюта, І.В. Григорович, В.С. Чабан. – К.: Урожай, 1986. – 296 с.
Руднєва Т.О. Моніторинг вірусу мозаїки кавуна 2 у агроценозах Київської та Полтавської областей / Т.О. Руднєва, Т.П. Шевченко, В.О. Цвігун, В.П. Поліщук // Мікробіологія і біотехнологія.– 2013. – № 4. – С. 55–62.
Руднєва Т.О. Поширення вірусних захворювань рослин родини Cucurbitaceae на території України / Т.О. Руднєва, Т.П. Шевченко, А.С. Бисов, В.П. Поліщук // Агроекологічний журнал.– 2008. – № 2. – С. 62–66.
Crowther J.R. (Ed.) ELISA. Theory and practice, Humana Press, N.Y. – 1995. – p. 223.
Dijkstra J. Practical Plant Virology: Protocols And Exercises / J. Dijkstra, Cees P. de Jager. – Berlin; – Springer.Verlag and Heidelberg GmbH & Co, 1998. – 459 p.
Felsenstein J. Confidence limits on phylogenies: An approach using the bootstrap / J. Felsenstein // Evolution. – 1985. – Vol. 39. – P. 783–791.
Lecoq Herve Viruses and Virus Diseases the Vegetables in the Mediterranean Basin / Herve Lecoq and Cecile Desbiez . – Academic Press, – 2012. – 592 p.
Molecular criteria for genus and species discrimination within the family Potyviridae / M.J. Adams, J.F. Antoniw, C.M. Fauquet // Archives of Virology. – 2005. – N 150, –P. 459–479.
Nucleotide sequence, serology and symptomatology suggest that vanilla necrosis potyvirus is a strain of watermelon mosaic virus 2 / Y.Y. Wang, D.L. Beck, R.C Gardner [et al.] // Archives of Virology. – 1993. – N 129. – P. 93–103.
QIAGENR. One step RT-PCR Kit Handbook. – Quiagen, 2002. –39p.
Rudneva T.O. Virus diseases of Cucurbitaceae plants on the territory of Ukraine / T.O. Rudneva., T.P. Shevchenko, I.G. Budzanivska, O.V. Shevchenko, V.P. Polischuk // Plant science. – 2006. – № 6 ,– P. 508–510.
Tamura K. Estimation of the number of nucleotide substitutions in the control region of mitochondrial DNA in humans and chimpanzees / K. Tamura, M. Nei // Molecular Biology and Evolution – 1993 – Vol. 10 – P. 512–526.
Virus taxonomy: Classification and Nomenclature of Viruses: Ninth report of the International Committee on Taxonomy of Viruses [A. King, M. Adams, E. Lefkowitz et al.]. – London: Academic Press, 2012. – 1327 p.
Zohren Moradi Diagnosis and molecular variability of Watermelon mosaic virus isolates from North, East, North-East, and North-West regions of Iran //Asian Journal of Plant Pathology. – 2011. – V. 5, – N 3, –P. 115–125.
##submission.downloads##
Опубліковано
Номер
Розділ
Ліцензія
Авторське право (c) 2014 Мікробіологія і біотехнологія
Ця робота ліцензується відповідно до Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.
Автор передає журналу (університету) на безоплатній основі невиключні права на використання статті (на весь строк дії авторського права починаючи з моменту публікації, розміщення статті на веб-сторінці журналу, в репозитарії відкритого доступу) без одержання прибутку; на відтворення статті чи її частин в електронній формі (включаючи цифрову); виготовлення ії електронних копій для постійного архівного зберігання; виготовлення електронних копій статті для некомерційного розповсюдження; внесення статті до бази даних репозитарію; надання електронних копій статті в доступі мережі інтернет.
Автор гарантує, що у статті не використовувалися статті або авторські права, які належать третім особам; гарантує, що на момент розміщення статті на веб-сторінці, в репозитарії ОНУ лише йому належать виключні майнові права на статтю, що розміщується; майнові права на статтю ні повністю, ні в частині нікому не передано (не відчуджено), майнові права на статтю ні повністю, ні в частині не є предметом застави, судового спору або претензій з боку третіх осіб.
Автор зберігає за собою право використовувати самостійно чи передавати права на використання статті третім особам.
Автор надає журналу право на використання статті такими способами:
переробляти, адаптувати або іншим чином змінювати її за погодженням з автором; перекладати статтю у випадку, коли стаття викладена мовою іншою, ніж мова, якою передбачена публікація у виданні. Якщо журнал виявить бажання використовувати статтю іншими способами: перекладати, розміщувати повністю або частково у мережі інтернет, публікувати статтю в інших, в тому числі іноземних виданнях, включати статтю як складову частину до інших збірників, антологій, енциклопедій тощо, умови оформлюються додатковою угодою.
Автор підтверджує, що він є автором (співавтором) цієї статті; авторські права на дану статтю не передані іншому видавцю; дана стаття не була раніше опублікована у будь-якому іншому виданні до публікації її журналом.
Публікація праць в Журналі здійснюється на некомерційній основі. Комісійна плата за оформлення статті не стягується.
