МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧНА ХАРАКТЕРИСТИКА ВIРУСУ КЛIЩОВОГО ЕНЦЕФАЛIТУ , ЯКИЙ ЦИРКУЛЮЄ В ПIВНIЧНО-ЗАХIДНОМУ ПРИЧОРНОМОР ’Ї
DOI:
https://doi.org/10.18524/2307-4663.2013.1(21).48719Ключові слова:
вірус кліщового енцефаліту, ген білка оболонки Е, секвенуванняАнотація
Вивчення молекулярної структури гену білка оболонки Е штамів вірусу кліщового енцефаліту, ізольованих в Північно-Західному Причорномор’ї – мета дослідження.
Секвенування нуклеотидних послідовностей гену білка оболонки Е штамів вірусу кліщового енцефаліту 150, 70, 120 і Саврань 160, ізольованих із іксодових кліщів в Одеській і Херсонській областях в 1988-1990 роках, проводили методом «термінаторів» (за Сенгєром). Філогенетичний аналіз отриманих послідовностей здійснювали методом приєднання сусідів. Генотип штамів визначали на основі даних філогенетичного аналізу і за наявністю сигнатурних амінокислот.
Секвеновано нуклеотидні послідовності гену білка оболонки Е штамів вірусу кліщового енцефаліту 150, 70, 120 і Саврань 160. На основі філогенетичного аналізу підтверджено циркуляцію в Північно-Західному Причорномор’ї європейського (західного) генотипу вірусу. Показана ідентичність гену білка оболонки Е у ізольованих в регіоні штамів європейського генотипу вірусу кліщового енцефаліту. Встановлена найбільша спорідненість штамів, що вивчали, зі штамом Pan, з яким вони складають окрему від решти штамів європейського генотипу вірусу філогенетичну групу. Проведений аналіз амінокислотних послідовностей виявив у штамів вірусу кліщового енцефаліту 150, 70, 120 і Саврань 160 наявність чотирьох маркерних амінокислотних заміщень – 67(N), 266(R), 306(V) і 407(R), в доменах II і III ектодомену і трансмембранному сегменті.
Визначена молекулярна структура гену білка оболонки Е штамів вірусу кліщового енцефаліта, ізольованих в Північно-Західному Причорномор’ї. Поряд з далекосхідним, встановлена циркуляція в регіоні європейського (західного) генотипу вірусу кліщового енцефаліту.
Посилання
Адельшин Р.В., Злобин В.И., Беликов С.И. и др. Молекулярная эпидемиология клещевого энцефалита в европейской части России и некоторых странах Балтии, Восточной и Юго-Восточной Европы // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. – 2006. – № 2. – С. 27–34. 2. Верхозина М.М., Злобин В.И., Козлова И.В. и др. Эколого-эпидемиологический и молекулярно-генетический анализ популяции вируса клещевого энцефалита на территории Иркутской области // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. – 2008. – № 1. – С. 12–18. 3. Гратц Н. Трансмиссивные инфекционные заболевания в Европе. Их распространение и влияние на общественное здравоохранение // Европейское региональное бюро ВОЗ. – 2005. – 158 с. 4. Громашевский В.Л. Методы изоляции арбовирусов / Арбовирусы (методы лабораторных и полевых исследований). – М., 1986. – С. 90–93. 5. Злобин В.И., Верхозина М.М., Демина Т.В. и др. Молекулярная эпидемиология клещевого энцефалита // Вопр. вирусол. – 2007. – № 6. – С. 4–13. 6. Локтев В.Б., Терновой В.А., Нетесов С.В. Молекулярно-генетическая характеристика вируса клещевого энцефалита // Вопр. вирусол. – 2007. – № 5. – С. 10–16. 7. Погодина В.В., Карань Л.С., Колясникова Н.М. и др. Эволюция клещевого энцефалита и проблема эволюции возбудителя // Вопр. вирусол. – 2007. – № 5. – С. 16–21. 8. Юрченко О.А., Виноград Н.А., Дубина Д.А. Молекулярно-генетическая характеристика вируса клещевого энцефалита в Крыму // Вопросы вирусологии. – 2012. – Т. 57, № 3. – С. 40–43. 9. Carpi G., Bertolotti L., Rosati S., Rizzoli A. Prevalence and genetic variability of tick-borne encephalitis virus in host-seeking Ixodes ricinus in northern Italy // J. Gen. Virol. – 2009. – Vol. 90, PT 12. – P. 2877–2883. 10. Ecker M., Allison S.L., Meixner T., Heinz F.X. Sequence analysis and genetic classification of tick-borne encephalitis viruses from Europe and Asia // J.Gen. Virol. – 1999. – Vol. 80. – P. 179–185. 11. Gaumann R., Muhlemann K., Strasser M., Beuret C.M. Highthroughput procedure for tick surveys of tick-borne encephalitis virus and its application in a national surveillance study in Switzerland // Appl. Environ. Microbiol. – 2010. – Vol. 76, № 13. – Р. 4241–4249. 12. Karan L.S., Zlobin V.I., Danchinova G.A. et al. Sequence analysis of tick-borne encephalitis viruses // GenBank. – 2008. – Режим доступа: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/EF469661.1. 13. Mansfield K.L. Johnson N., Phipps L.P., Stephenson J.R., Fooks A.R., Solomon T. Tick-borne encephalitis virus – a review of an emerging zoonosis // Journal of General Virology. – 2009. – Vol. 90. – P. 1781–1794. 14. Rey F.A., Heinz F.X., Mandl C., Kunz C., Harrison S.C. The envelope glycoprotein from tick-borne encephalitis virus at 2 A resolution // Nature. – 1995. – Vol. 375. – P. 291–298. 15. Takashima I., Morita K., Chiba M. et al. A case of tick-borne encephalitis in Japan and isolation of the virus // J. Clin. Microbiol. – 1997. – Vol. 35, № 8. – Р. 1943–1947. 16. Tamura K., Peterson D., Peterson N. et al. MEGA5: Molecular Evolutionary Genetics Analysis using Maximum Likelihood, Evolutionary Distance, and Maximum Parsimony Methods // Molecular Biology and Evolution. – 2011. – Vol. 28. – P. 2731–2739. 17. Yun S.-M., Kim S.-Y., Han M.G. et al. Analysis of the envelope (E) protein gene of tick-borne encephalitis viruses isolated in South Korea // Vector-borne and zoonotic disease. – 2009. – Vol. 9, № 3. – P. 287–293. 18. Zlobin V.I., Mamaev L.V., Butina T.V. [et al.] Sequence analysis of tick-borne encephalitis viruses for genetic typing // GenBank. – 2000. – Режим доступа: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/AF229364.1.
##submission.downloads##
Опубліковано
Номер
Розділ
Ліцензія
Авторське право (c) 2013 Мікробіологія і біотехнологія
Ця робота ліцензується відповідно до Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.
Автор передає журналу (університету) на безоплатній основі невиключні права на використання статті (на весь строк дії авторського права починаючи з моменту публікації, розміщення статті на веб-сторінці журналу, в репозитарії відкритого доступу) без одержання прибутку; на відтворення статті чи її частин в електронній формі (включаючи цифрову); виготовлення ії електронних копій для постійного архівного зберігання; виготовлення електронних копій статті для некомерційного розповсюдження; внесення статті до бази даних репозитарію; надання електронних копій статті в доступі мережі інтернет.
Автор гарантує, що у статті не використовувалися статті або авторські права, які належать третім особам; гарантує, що на момент розміщення статті на веб-сторінці, в репозитарії ОНУ лише йому належать виключні майнові права на статтю, що розміщується; майнові права на статтю ні повністю, ні в частині нікому не передано (не відчуджено), майнові права на статтю ні повністю, ні в частині не є предметом застави, судового спору або претензій з боку третіх осіб.
Автор зберігає за собою право використовувати самостійно чи передавати права на використання статті третім особам.
Автор надає журналу право на використання статті такими способами:
переробляти, адаптувати або іншим чином змінювати її за погодженням з автором; перекладати статтю у випадку, коли стаття викладена мовою іншою, ніж мова, якою передбачена публікація у виданні. Якщо журнал виявить бажання використовувати статтю іншими способами: перекладати, розміщувати повністю або частково у мережі інтернет, публікувати статтю в інших, в тому числі іноземних виданнях, включати статтю як складову частину до інших збірників, антологій, енциклопедій тощо, умови оформлюються додатковою угодою.
Автор підтверджує, що він є автором (співавтором) цієї статті; авторські права на дану статтю не передані іншому видавцю; дана стаття не була раніше опублікована у будь-якому іншому виданні до публікації її журналом.
Публікація праць в Журналі здійснюється на некомерційній основі. Комісійна плата за оформлення статті не стягується.
