ФIЛОГЕНЕТИЧНИЙ АНАЛIЗ ВIРУСIВ ГРИПУ ЛЮДЕЙ А(H3N2), ВИДIЛЕНИХ В УКРАЇНI В ЕПIДЕМIЧНОМУ СЕЗОНI 2011–2012 РОКIВ
DOI:
https://doi.org/10.18524/2307-4663.2013.1(21).48721Ключові слова:
віруси грипу A(H3N2), нуклеотидні послідовності, філогенетичний аналізАнотація
Метою роботи було провести генетичний аналіз сегментів, що кодують гемаглютинін (НА) та нейрамінідазу (NА) вірусів грипу типу А(H3N2), виділених в Україні в епідемічному сезоні 2011–2012 рокі в. У даному дослідженні були використані методи: real-time RT-PCR, робота з культурою клітин MDCK-siat, секвенування і філогенетичний аналіз. Проаналізовані генетичні сегмент и НА і NА українських вірусів грипу А(H3N2), виділених у епідсезоні 2011–2012 рр . та побудовані відповідні філогенетичні дерева методом об ’єднання найближчих сусідів (Neighbor-Joining) з використанням моделі Kimura 2-parameter. Статистична оцінка філогенетичного аналізу проведена із застосуванням методу бутстре п-аналізу (Bootstrap). Проаналізована генетична подібність досліджуваних ізолятів до вакцинного штаму та вірусів виділених у світі . Детально проаналізовані всі генетичні групи кластер у Victoria/208, куди увійшли виділені нами ізоляти. Описані ключові мутації в амінокислотн их послідовностях НА і NА. В роботі були виявлені множинні шляхи заносу епідемічних вірусів грипу А(H3N2) в сезоні 2011–2012 рр. в Україну. Мутації в гемаглютиніні українських ізоляті в знаходились у високо варіабельних ділянках і не були пов’язані зі зміною властивостей вірусів. Аналіз амінокислотних послідовностей NА показав відсутність мутацій E119V, E119V+I222V, R292K і N294S, з якими асоціюють появурезистентності до озельтамівір у та занамівіру.
Посилання
Голубка О.С., Онищенко О.В., Міроненко А.П. Оцінка ефективності дозорного епіднагляду за грипом в Україні // Профілактична Медицина. – №4(16). – 2011. – C. 25–32. 2. Кумар Н.М. Молекулярная эволюция и филогенетика / Ней М. Кумар; [под ред. Г. В. Глазко]. – К.: КВШ. – 2004. – 333 с. 3. Лейбенко Л., Онищенко О., Голубка О., Бабій С., Міроненко А. Генетичний моніторинг циркулюючих в Україні вірусів грипу людей сезону 2010-2011 років // Вісник КНУ ім. Т.Шевченка. Біологія. – 2012. – 62. – С. 19–23. 4. Лукашов В.В. Молекулярная эволюция и филогенетический анализ Уч ебное пособие. – М. : БИНОМ. Лабаратория знаний. – 2009. – 256 с. 5. Bush R.M., Fitch W.M., Bender C.A., Cox N.J. Positive selection on the H3 hemagglutinin gene of human influenza virus A. Mol Biol and Evol. – 1999. – 16. – P. 1457–1465. 6. Chen R ., Holmes E .C. Hitchhiking and the population genetic structure of avian influenza virus // J.Mol.Evol. – 2010. – 70. – P. 98–105. 7. Danishuddin M., Khan S., Khan A. Phylogenetic analysis of surface proteins of novel H1N1 virus isolated from 2009 pandemic // Bioinformation. – 2009. – 4, N 2. –P. 94–97. 8. Das S .R., Hensley S .E., David A., Schmidt L., Gibbs J.S., Puigbò P., Ince W.L., Bennink J.R., Yewdell J.W. Fitness costs limit influenza A virus hemagglutinin glycosylation as an immune evasion strategy // Proc Natl Acad Sci USA. – 2011. – 108, N 51. – E1417–E1422. 9. Felsenstein J. Confidence limits on phylogenies: An approach using the bootstrap // Evolution. – 1985. – 39, N 4. – P. 783–791. 10. Gamblin S .J., Skehel J.J. Influenza Hemagglutinin and Neuraminidase Membrane Glycoproteins // J Biol Chem. – 2010. – 285, N 37.– P. 28403–28409. 11. Gubareva L.V. Molecular mechanisms of influenza virus resistance to neuraminidase inhibitors // Virus Research. – 2004. – 103, N 1–2. – P. 199–203. 12. Kimura M. A simple method for estimating evolutionary rate of base substitutions through comparative studies of nucleotide sequences // Journal of Molecular Evolution. – 1980. – 16. – P. 111–120. 13. Lin P., Gregory V., Bennett M ., Hay A. Recent changes among human influenza viruses // Virus Res. – 2004. – 103. – P. 47–52. 14. Mishin V.P, Hayden F.G, Gubareva L.V. Susceptibilities of antiviralresistant influenza viruses to novel neuraminidase inhibitors // Antimicrob Agents Chemother. – 2005. – 49, N 11. – P. 4515–4520. 15. Oh D.Y., Barr I .G., Mosse J.A., Laurie K.L. MDCK-SIAT1 cells show improved isolation rates for recent human influenza viruses compared to conventional MDCK cells // J Clin Microbiol. – 2008. – 46, N 7. – P. 2189–94. 16. Okada J., Ohshima N ., Kubota-Koketsu R . et al. Localization of epitopes recognized by monoclonal antibodies that neutralized the H3N2 influenza viruses in man // J Gen Virol. –2011. – 92 – P. 230–241. 17. Plotkin J.B., Dushoff J., Levin S .A. Hemagglutinin sequence clusters and the antigenic evolution of influenza A virus // Proc Natl Acad Sci USA. – 2002. – 99, N 9. – P. 6263–6268. 18. Recommended composition of influenza virus vaccines for use in the 2011–2012 northern hemisphere influenza season (available at: www.who.int/influenza/vaccines/virus/recommendations/recommendations_2011_12north/en/index.html ).reconstructing phylogenetic trees // Molecular Biology and Evolution. – 1987. – 4, N 4. – P. 406–425. 20. Tamura K., Peterson D ., Peterson N ., Stecher G ., Nei M ., and Kumar S . MEGA5: Molecular Evolutionary Genetics Analysis using Maximum Likelihood, Evolutionary Distance, and Maximum Parsimony Methods // Mol Biol Evol. – 2011. – 28, N 10. – P. 2731–2739. 21. Viboud C.C, Grais R.F, Lafont B.A., Miller M .A., Simonsen L. Multinational impact of the 1968 Hong Kong influenza pandemic: evidence for a smoldering pandemic // J Infect Dis. – 2005. – 192, N 2. – P. 233–48. 22. Virus Taxonomy. Ninth Report of the International Committe on Taxonomy of Viruses [King M.Q., Adams M.J., Carstens E.B., Lefkowitz E.J.]. – London: Academic Press. – 2011. – P. 749–758.
##submission.downloads##
Опубліковано
Номер
Розділ
Ліцензія
Авторське право (c) 2013 Мікробіологія і біотехнологія
Ця робота ліцензується відповідно до Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.
Автор передає журналу (університету) на безоплатній основі невиключні права на використання статті (на весь строк дії авторського права починаючи з моменту публікації, розміщення статті на веб-сторінці журналу, в репозитарії відкритого доступу) без одержання прибутку; на відтворення статті чи її частин в електронній формі (включаючи цифрову); виготовлення ії електронних копій для постійного архівного зберігання; виготовлення електронних копій статті для некомерційного розповсюдження; внесення статті до бази даних репозитарію; надання електронних копій статті в доступі мережі інтернет.
Автор гарантує, що у статті не використовувалися статті або авторські права, які належать третім особам; гарантує, що на момент розміщення статті на веб-сторінці, в репозитарії ОНУ лише йому належать виключні майнові права на статтю, що розміщується; майнові права на статтю ні повністю, ні в частині нікому не передано (не відчуджено), майнові права на статтю ні повністю, ні в частині не є предметом застави, судового спору або претензій з боку третіх осіб.
Автор зберігає за собою право використовувати самостійно чи передавати права на використання статті третім особам.
Автор надає журналу право на використання статті такими способами:
переробляти, адаптувати або іншим чином змінювати її за погодженням з автором; перекладати статтю у випадку, коли стаття викладена мовою іншою, ніж мова, якою передбачена публікація у виданні. Якщо журнал виявить бажання використовувати статтю іншими способами: перекладати, розміщувати повністю або частково у мережі інтернет, публікувати статтю в інших, в тому числі іноземних виданнях, включати статтю як складову частину до інших збірників, антологій, енциклопедій тощо, умови оформлюються додатковою угодою.
Автор підтверджує, що він є автором (співавтором) цієї статті; авторські права на дану статтю не передані іншому видавцю; дана стаття не була раніше опублікована у будь-якому іншому виданні до публікації її журналом.
Публікація праць в Журналі здійснюється на некомерційній основі. Комісійна плата за оформлення статті не стягується.
