ОЦIНКА ГЕНЕТИЧНОЇ ГЕТЕРОГЕННОСТI ШТАМIВ RALSTONIA SOLANACEARUM НА ОСНОВI RAPD-ПЛР АНАЛIЗУ

Р. В. Грицай, Л. Д. Варбанець, О. С. Броварська, Н. В. Житкевич, Т. М. Олійник

Анотація


Проаналізовано 9 штамів Ralstonia solanacearum Міжнародної колекції фітопатогенних бактерій та колекції відділу фітопатогенних бактерій Iнституту мікробіології і вірусології імені Д.К. Заболотного з використанням RAPD-ПЛР аналізу. Згідно отриманих результатів показано високий рівень генетичної гетерогенності об’єктів дослідження та побудовано дендрограму, що відображає генетичні дистанції між штамами. Розподіл штамів за кластерами дендрограми виявив певну закономірність для представників першого біовару. Серед ампліфікованих послідовностей не виявлено таких, що корелюють із детермінацією хемотипу ліпополісахариду.

Ключові слова


RAPD-ПЛР; Ralstonia solanacearum; генетичні дистанції; ліпополісахарид

Повний текст:

PDF

Пристатейна бібліографія ГОСТ


Remenant B., Coupat-Goutaland B., Guidot A., Cellier G., Wicker E., Allen C., Fegan M., Pruvost O., Elbaz M., Calteau A., Salvignol G., Mornico D., Mangenot, Remenant B., Barbe V., Médigue C., Prior P. Genomes of three tomato pathogens within the Ralstonia solanacearum species complex reveal significant evolutionary divergence // BMC Genomics. – 2010. – V. 11. – P. 379–395.

Poussier S., Vandewalle P., Luisetti P. Genetic diversity of African and worldwide strains of Ralstonia solanacearum as determined by PCRRestriction Fragment Length Polymorphism Analysis of the hrp gene region // Appl. Environ. Microbiology. – 1999. – Vol. 65. – P. 2184–2194.

Norman D.J., Zapata M., Gabriel D.W., Duan Y.P., Yuen J.M., Mangravita-Novo A., Donahoo R.S. Genetic diversity and host range variation of Ralstonia solanacearum strains entering North America // Phytopathology. – 2009. – V. 99. – P. 1070–1077.

Винарская Н.В., Варбанец Л.Д. Химическая характеристика се- рологическая активность липополисахаридов Pseudomonas solanacearum // Микробиологический журнал. – 2002 – № 1. – С. 37–47.

Москаленко Н.В. Структурно-функціональні дослідження ліпопо- лісахаридів Ralstonia solanacearum : Автореф. дис. ... канд. біол. наук, К., 1999. – 21 с.

He Z.F., Yu H. and Luo F.F. Differentiation of pathogenicity and RAPD analysis of Ralstonia solanacearum in Guangdong // Acta Phytopathol. Sin. – 2003. – V. 33. – P. 415–420.

Pacheco A.B., Guth B.E., Soares K.C., Nishimura L., de Almeida D.F., Ferreira L.C. Random amplification of polymorphic DNA reveals serotype-specific clonal clusters among enterotoxigenic Escherichia coli strains isolated from humans // J. Clin. Microbiol. – 1997. – V. 35. – P. 1521–1525.

Theophilo G.N. Distribution of virulence markers in clinical and environmental Vibrio cholerae non-O1/non-O139 strains isolated in Brazil from 1991 to 2000. o Paulo. – 2006. – V. 48. – P. 65–70.

Jaunet T.X., Ddos R.P., Leal N.C., Hofer E., Jaunet T.X., Wang J.F. // Rev. Inst. Med. Trop. Variation in genotype and aggressiveness of Ralstonia solanacearum race 1 isolated from tomato in Taiwan // Phytopathology. – 1999. – V. 89. – P. 320–327.

Rapley R. The nucleic acid protocols handbook // Totowa: Humana Press Inc. – 2000. – 1002 p.

Seal S.E., Jackson L.A., Young J.P., Daniels M.J. Differentiation of Pseudomonas solanacearum, Pseudomonas syzygii, Pseudomonas pickettii and the Blood Disease Bacterium by partial 16S rRNA sequencing: construction of oligonucleotide primers for sensitive detection by polymerase chain reaction // J. Gen. Microbiol. – 1993. – V. 139. – P. 1587–1594.

Garcia-Vallve S., Palau J., Romeu A. Horizontal gene transfer in glycosyl hydrolases inferred from codon usage in Escherichia coli and Bacillus subtilis // Molecular Biology and Evololution. – 1999. – V. 9. – P. 1125–1134.

Kocharova N.A., Knirel Yu.A., Varbanets L.D., Moscalenko N.V., Brovarskaya O.S., Muras V.A., Young J.M. Studies of O-specific polysaccharide chains of Pseudomonas solanacearum lipopolysaccharides consistingof structurally different repeating units//Carbohydr. Res. – 1993. – V. 250, N 1. – P. 277–285.

Вінарська Н.В. Залежність біологічної активності ліпополісахаридів Ralstonia solanacearum (Smith, 1896) від їх складу і струкутрних особливостей//Автореф. дис. … канд. біол. наук. К., 2002. – 21 с.

Dijkshoorn L., Towner K.J. and Struelens M. New approaches for the generation and analysis of microbial typing data. – Amsterdam: ELSЕVIER, 2001. – 371 p.

Tikoo A., Tripathi S., Verma C., Agrawal N., Gopal Nath A.K. Application of PCR fingerprinting techniques for identification and discrimination of Salmonella isolates // Curr Sci. – 2001. – V. 80. – P. 1049–1053.

Gürtler V., Mayall B.C. Genomic approaches to typing, taxonomy and evolution of bacterial isolates // Int. J. Syst Evol. Microbiol. – 2001. – V. 51. – P. 3–16.

Grover A., Azmi W., Gadewar A.V., Pattanayak D., Naik P.S., Shekhawat G.S., Chakrabarti S.K.Genotypic diversity in a localized population of Ralstonia solanacearum as revealed by random amplified polymorphic DNA markers // J. Appl. Microbiol. – 2006. – V. 101. – P. 798–806.

Stevens P., van Elsas J.D. Genetic and phenotypic diversity of Ralstonia solanacearum biovar 2 strains obtained from Dutch waterways // Antonie Van Leeuwenhoek. – 2010 – V. 97. – P. 171–188.





DOI: https://doi.org/10.18524/2307-4663.2011.2(14).92767

Посилання

  • Поки немає зовнішніх посилань.


Creative Commons License
Ця робота ліцензована Creative Commons Attribution-NonCommercial 4.0 International License.

ISSN 2076-0558 (Print); 2307-4663 (Online)